企业付款收取手续费是否合法，需分情况讨论：
企业间正常交易付款：
- 在正常的企业间交易中，如果双方在合同中明确约定了付款方式及可能产生的手续费，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么企业按照约定收取手续费是合法的。例如，双方约定使用某种特定的支付方式（如跨境支付、电汇等），并明确由付款方承担相关手续费，这种约定是有效的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同就是有效的。因此，在合同中明确约定手续费的情况下，企业有权按照约定收取。
企业向员工付款（如工资、奖金等）：
- 企业向员工支付工资、奖金等劳动报酬时，通常不应收取手续费。劳动报酬是员工提供劳动后应得的回报，企业无权在此过程中额外收取费用。如果企业以手续费等名义扣减员工劳动报酬，可能构成违法行为，员工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。任何克扣或者无故拖欠劳动者工资的行为都是违法的。
企业向消费者或客户收款时：
- 如果企业作为收款方，在向消费者或客户收款时要求支付手续费，这通常取决于双方之间的约定以及相关法律法规的规定。在某些情况下，如信用卡支付、跨境支付等，支付机构可能会收取一定的手续费，但这通常是由支付机构与消费者或客户之间约定的，而不是由收款企业直接收取。如果企业未经消费者或客户同意，擅自收取手续费，可能构成违法行为。
- 特殊情况：在某些特定行业或交易中，如金融服务、电信服务等，可能存在行业惯例或监管规定允许收取一定的手续费。但即使在这种情况下，企业也应当明确告知消费者或客户手续费的具体金额和收取方式，并确保其符合相关法律法规的规定。
建议：
- 对于企业而言，在涉及手续费的问题上，应当确保合同条款的明确性和合法性，避免因手续费问题引发纠纷。
- 对于员工和消费者而言，如果遇到企业擅自收取手续费的情况，应当及时了解相关法律法规的规定，维护自己的合法权益。如有需要，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
总结：企业付款收取手续费是否合法，取决于具体情境和合同约定。在涉及手续费的问题上，企业应当谨慎处理，确保符合相关法律法规的规定；员工和消费者也应当了解自己的权益，及时维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。