企业与企业之间借款是否可以收取手续费，以及该行为是否合法，需分情况讨论：
一、手续费收取的合法性基础
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方有权在平等、自愿的基础上约定合同内容，包括借款利息、手续费等费用。因此，如果两家企业在借款合同中明确约定了手续费，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么收取手续费是合法的。
手续费性质：手续费通常被视为借款方为获得借款而支付的一种对价，其性质类似于利息。只要手续费的收取标准合理，且未超过法律规定的上限（如民间借贷利率的上限），那么该手续费就是合法的。
二、手续费收取的合法性限制
利率上限：虽然企业间借款不属于民间借贷范畴，但手续费作为借款成本的一部分，仍需遵循公平、合理的原则。如果手续费过高，导致借款成本显著高于市场水平，可能被视为不公平的交易条件，从而引发法律争议。虽然目前没有直接针对企业间借款手续费的具体上限规定，但手续费应与借款金额、借款期限等因素相匹配，不得显失公平。
禁止变相高利贷：企业间借款不得通过收取高额手续费等方式变相提高借款利率，从而规避法律对高利贷的禁止性规定。如果手续费实际上构成了借款利息的一部分，且整体利率超过了法律规定的上限，那么该手续费就是非法的。
三、实务建议
明确约定：在借款合同中，应明确约定手续费的金额、支付方式、支付时间等条款，以避免后续争议。
合理定价：手续费的收取应合理定价，不得过高或过低。过高可能被视为不公平交易，过低则可能无法覆盖借款方的成本。
遵守法律法规：在收取手续费时，应遵守相关法律法规的规定，不得通过手续费等方式变相提高借款利率或从事其他违法活动。
举例说明：假设两家企业A和B签订了一份借款合同，约定A向B借款100万元，借款期限为一年，年利率为10%，同时约定B收取借款金额1%的手续费（即1万元）。如果该手续费与借款金额、借款期限等因素相匹配，且整体借款成本未超过市场水平或法律规定的上限，那么该手续费就是合法的。
总结来说，企业与企业之间借款可以收取手续费，但需满足合同自由原则、手续费性质合理且未超过法律规定的上限等条件。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。