针对您提出的“当兵期间被亲戚注册公司为股东怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、法律与军队规定的基本框架

首先，从法律层面来看，我国并未明确规定军人不能成为公司股东。因此，单纯从法律角度讲，您作为军人被注册为公司股东并不直接违法。然而，军队有其特殊的管理规定和纪律要求，这些规定对军人参与商业活动有严格的限制，以确保军人的主要精力和职责能够集中在军事任务上。

二、不同身份军人的具体处理建议

1. 现役士兵（包括普通士兵和大学生士兵）：

   • 普通士兵：根据军队规定，现役士兵不得经商或参与营利性活动。成为公司股东具有潜在的营利可能性，这与军队的管理规定存在冲突。因此，建议您及时办理股权变更手续，将股权转让给他人，以退出股东身份。否则，您可能会面临军队的纪律处分，这将对您的服役和个人发展产生不利影响。

   • 大学生士兵：国家鼓励大学生参军入伍，并保护其入伍前的合法权益，包括商业投资权益。如果您在入伍前已经是公司股东，且该商业活动不影响您的服役，通常军队不会强制要求您立即退出股东身份。但您仍需遵守军队规定，不得因股东事务影响军事任务的执行，并向所在部队报备说明情况。

2. 军官：

   • 军官，特别是党员军官，需严格遵守党纪军纪，不允许违规从事营利性活动。成为公司股东可能违反相关规定。因此，建议您主动整改，转让股权。若不及时纠正，您将依据相关纪律规定受到党纪政纪处分，严重的甚至可能会被追究法律责任。

三、公司运营与股权转让的注意事项

1. 合规性：在处理股权时，您需遵循《中华人民共和国公司法》等相关法律法规，确保股权转让等行为合法合规。应签订规范的股权转让协议，并按照公司章程和法律规定的程序办理工商变更登记等手续。

2. 保密义务：作为公司股东，您需特别注意公司商业秘密和保密义务的保护。避免因您的军人身份而泄露公司机密或违反相关法规。

3. 决策与管理：在参与公司决策和管理时，您应充分考虑自己的身份和职责，确保不会因个人利益损害公司利益或违反军队纪律。

4. 退出机制：如果因特殊原因需要退出公司或转让股权，您应提前与公司其他股东协商，并按照规定程序办理相关手续。

四、总结与建议

综上所述，当兵期间被亲戚注册为公司股东并不直接违反法律规定，但在实际操作中需综合考虑军队规定、公司章程等多方面因素。我建议您在做出决定前充分咨询相关专业人士（如法律顾问、军队相关部门等），并谨慎考虑各种可能的风险和影响。同时，作为军人，您应严格遵守法律法规和军队规定，确保自己的行为合法合规。如果您决定退出股东身份，请务必按照法定程序办理相关手续，以避免不必要的法律纠纷。