结论：非农业户口人员在农村拥有房子且有房产证，同时还有公证处公证的宅基地证明，并不直接等同于该宅基地的使用完全合法，其合法性需结合具体情况及法律规定综合判断。

分析说明：

1. 宅基地使用权主体资格：

   • 根据我国相关法律规定，宅基地使用权是农村集体经济组织成员享有的权利，与特定的身份关系相联系，即只有农村集体经济组织成员才能依法取得宅基地使用权。非农业户口人员，一般不具备农村集体经济组织成员的身份，因此，从主体资格上讲，他们通常不具备直接取得宅基地使用权的条件。

2. 房产证与宅基地证明的关系：

   • 房产证是房屋所有权的证明，它表明房屋的所有权归属。而宅基地证明，特别是经过公证的宅基地证明，虽然能证明宅基地的某种权益状态，但并不能直接证明非农业户口人员拥有合法的宅基地使用权。因为宅基地使用权的合法性，首先取决于使用主体是否具备相应的资格。

3. 历史遗留问题与特殊情况：

   • 在实践中，可能存在一些历史遗留问题或特殊情况，如非农业户口人员通过继承、赠与等方式获得农村房屋及宅基地的使用权。在这种情况下，虽然他们可能不是农村集体经济组织成员，但根据相关法律规定或政策，他们可能仍然享有房屋的所有权及宅基地的有限使用权。然而，这种使用权通常受到一定的限制，如不得翻建、改建房屋，不得转让宅基地使用权等。

4. 公证的作用与局限性：

   • 公证是一种证明行为，它可以证明某个法律事实或法律行为的真实性、合法性。然而，公证并不能改变法律事实或法律行为的本质。因此，即使宅基地证明经过了公证，也不能直接证明非农业户口人员拥有合法的宅基地使用权。公证只能证明该证明的真实性和合法性，而不能证明其背后的法律关系是否合法。

法律建议：

• 对于非农业户口人员在农村拥有房子及宅基地的情况，建议首先咨询当地农村集体经济组织或相关部门，了解具体的政策规定和操作流程。
• 如果存在历史遗留问题或特殊情况，建议咨询专业律师，了解自己的权益和义务，以及可能面临的法律风险。
• 在处理相关事务时，务必遵守法律法规和政策规定，避免因违法违规行为而引发不必要的法律纠纷。

后续行动指引：

• 如果您对宅基地的合法性有进一步疑问，或者需要了解具体的法律程序和操作步骤，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。