再审法院在特定条件下可以否定仲裁认定的证据。以下是对这一问题的详细分析：

1. 再审法院的审查权：

   • 再审程序是针对已经发生法律效力的判决、裁定、调解书，发现其中存在错误时，由法院进行重新审理的程序。
   • 在再审过程中，法院有权对原判决、裁定所依据的事实和证据进行全面审查，包括仲裁认定的证据。

2. 否定仲裁认定证据的条件：

   • 证据不足或错误：如果仲裁认定的证据存在不足、错误或违反法定程序的情况，再审法院在审查后，有权否定这些证据，并依据新的证据或事实作出判决。
   • 新证据的出现：在再审过程中，如果出现了新的证据，这些证据可能足以推翻原仲裁认定的证据，再审法院会考虑这些新证据，并可能据此否定原仲裁认定的证据。
   • 法律适用错误：如果仲裁过程中存在法律适用错误，导致证据认定不当，再审法院在审查法律适用后，也有权否定原仲裁认定的证据。

3. 再审法院否定仲裁认定证据的后果：

   • 如果再审法院否定了仲裁认定的证据，它可能会根据新的证据或事实，对原判决、裁定进行改判或撤销。
   • 这意味着，原仲裁认定的结果可能不再具有法律效力，当事人需要依据再审法院的判决来履行相应的义务或享受相应的权利。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 申请再审的时效：当事人申请再审，应当在判决、裁定发生法律效力后六个月内提出。这是法律规定的时效限制，当事人需要严格遵守。
   • 再审申请的审查：再审法院在收到再审申请后，会进行审查，决定是否受理。如果受理，再审法院会组成合议庭进行审理。
   • 证据的提交与质证：在再审过程中，当事人需要提交新的证据或指出原证据存在的问题。这些证据需要经过质证和认证，才能作为再审法院判决的依据。

举例说明：假设一起民间借贷纠纷中，仲裁机构认定了某份借条作为借款事实的证据。但在再审过程中，借款人提出了新的证据，证明该借条是在被胁迫的情况下签署的，且存在伪造的可能。再审法院在审查这些新证据后，认为原仲裁认定的借条证据不足，且存在违法情形，因此否定了该证据，并依据新的证据作出了改判。

法律建议：如果你对仲裁认定的证据有异议，并认为存在再审的可能，建议及时咨询专业律师，了解再审的申请条件、程序和所需材料。同时，积极收集新的证据或指出原证据存在的问题，为再审做好充分准备。

可能后果：如果再审法院否定了仲裁认定的证据，原仲裁结果可能被改判或撤销，当事人需要依据再审法院的判决来履行义务或享受权利。因此，在申请再审前，当事人需要充分评估再审的可能性和后果，做出明智的决策。