有违法所得并不意味着必须完全按照违法所得的数额来判处罚金，但违法所得必须上缴，罚金也必须缴纳，不过两者在数额上并不一定等同。以下是具体分析：
一、违法所得的处理
法律规定：
- 根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物一律上缴国库，不得挪用和自行处理。
原因及阐释：
- 恢复社会经济秩序：违法所得是犯罪分子通过非法手段获取的财物，追缴这些财物有助于恢复被犯罪行为破坏的社会经济秩序。
- 保护被害人权益：追缴违法所得也是对被害人权益的一种保护，确保犯罪分子不会因犯罪行为而获得不当利益。
- 预防犯罪：如果不追缴违法所得，将可能鼓励犯罪行为的发生，破坏社会的公平和正义。
具体操作：
- 追缴与退赔：追缴是指强制收回违法所得并上交国库；退赔则是在无法追回违法所得时，责令犯罪分子按财物价值进行赔偿。
- 认定程序：在追缴前，需经过调查、取证和审判等法定程序，确认财物的违法所得性质。
二、罚金的处理
法律规定：
- 《中华人民共和国刑法》第五十三条规定，罚金在判决指定的期限内一次或者分期缴纳。期满不缴纳的，强制缴纳。对于不能全部缴纳罚金的，人民法院在任何时候发现被执行人有可以执行的财产，应当随时追缴。由于遭遇不能抗拒的灾祸等原因缴纳确实有困难的，经人民法院裁定，可以延期缴纳、酌情减少或者免除。
罚金数额的确定：
- 罚金的数额并不一定与违法所得的数额相同。法院在判决罚金时，会综合考虑犯罪的性质、情节、社会危害程度以及犯罪分子的经济状况等因素。
- 罚金作为刑法规定的一种附加刑，其目的在于对犯罪行为进行经济制裁，惩罚和预防犯罪，而非简单地与违法所得数额挂钩。
执行与特殊情况：
- 一般情况：法院会根据判决确定的罚金数额启动执行程序，罪犯有义务主动缴纳。
- 强制措施：若罪犯不主动缴纳，执行机关将采取查封、扣押财产等措施强制其缴纳。
- 特殊减免：在确实没有经济能力缴纳罚金的情况下，经申请并经法院审查属实，可以酌情减免或延期缴纳，但这需要符合法定条件和程序。
三、违法所得与罚金的关系
- 违法所得是犯罪分子通过非法手段获取的财物，必须上缴国库；而罚金是法院根据犯罪的性质、情节等因素判决的，对犯罪分子进行经济制裁的刑罚。
- 两者在数额上并不一定等同，罚金的数额可能高于、等于或低于违法所得的数额，具体取决于法院的判决。
总结来说，有违法所得并不意味着必须完全按照违法所得的数额来判处罚金。违法所得必须上缴，罚金也必须缴纳，但罚金的数额由法院根据犯罪的性质、情节等因素综合判断后确定。如果你在交通运输领域遇到相关法律问题，可以直接向我咨询。