在三方当事人的虚开发票案中，要证明真实交易两方的交易真实性，需要从多个维度综合收集并运用证据，以构建一个完整、有力的证据链。以下是一些具体的证明方法和步骤：
一、交易真实性的直接证据
业务合同核实：
- 仔细审查交易双方签订的业务合同，确认合同条款是否清晰明确，特别是交易内容、价格、数量、履行时间等关键信息。
- 对比合同签订时间、履行时间与发票开具时间，确保时间上的逻辑性和一致性。任何时间上的不匹配都可能成为虚开发票的疑点。
货物或服务交付情况查验：
- 对于货物交易，核实运输记录、仓储记录、签收单等，确保货物名称、数量、发货地与收货地等信息与合同和发票一致。
- 对于服务类交易，检查服务报告、验收记录、客户反馈等，以证明服务实际发生且符合合同要求。
二、发票本身的证据
发票内容比对：
- 仔细核对发票上的货物或服务名称、数量、单价、金额等信息是否与实际交易相符。
- 检查发票号码、代码、开票日期的连续性和合理性，警惕不连续或顺序不符的情况，这可能是虚开发票的迹象。
发票真伪鉴定：
- 使用税务机关提供的发票查验平台核实发票的真实性。
- 观察发票的纸质、印刷质量等物理特征，识别伪造或变造的发票。
三、资金流核查
资金流向分析：
- 检查交易双方的资金流向，特别是是否存在资金回流现象，即资金最终回流到购买方或其关联方。
- 分析资金支付的方式和时间是否符合常理，警惕大额现金支付或无合理解释的延迟付款。
银行转账记录调取：
- 调取交易双方的银行转账记录，核对转账金额、时间、对方账户等信息是否与合同和发票一致。
四、相关人员证言及陈述
询问交易双方人员：
- 对交易双方的相关人员进行详细询问，了解交易的具体情况和细节，包括交易动机、过程、资金往来等。
- 询问财务人员和业务人员的具体操作和职责，揭示任何可疑行为或异常操作。
收集第三方证人证言：
- 收集运输司机、仓库管理人员、客户等第三方证人的证言，从不同角度证明交易的真实性。
五、其他辅助证据
电子邮件、聊天记录等电子数据收集：
- 收集交易双方之间的电子邮件、聊天记录等电子数据，查找有关交易的真实信息或虚开发票的蛛丝马迹。
税务申报及缴纳情况核对：
- 核查交易双方的税务申报记录，确保与发票金额相匹配。
- 检查进项税额和销项税额的匹配情况，揭示可能的虚开进项或销项发票问题。
六、综合分析与判断
在收集完上述证据后，需要进行综合分析与判断。要确保证据的合法性、客观性和关联性，形成完整的证据链。同时，结合具体的法律规定和司法解释，判断虚开发票罪的构成要件是否得到满足。如果证据充分且有力，能够证明交易双方的真实交易情况，并排除虚开发票的可能性，那么就可以为案件的依法处理提供有力支持。
总之，证明真实交易两方的交易真实性需要综合运用多方面的证据和方法。如果你或你的企业面临此类问题，建议咨询专业的律师或税务机关进行调查和处理，以确保合法权益得到保护。