占用农耕地被查后，核心处理方式是立即停止违法行为，配合调查并积极整改，同时根据具体情况承担相应法律责任。具体处理方式需结合占用性质、面积、用途及是否获得审批等因素综合判断，以下是详细分析：

1. 立即停止违法行为，配合调查
   根据《土地管理法》第七十五条，占用农耕地（尤其是基本农田）进行非农业建设属于违法行为。被查后应第一时间停止施工或使用行为，避免扩大违法后果。同时需配合自然资源部门的调查，如实说明占用原因、面积、用途等信息，避免因隐瞒或抗拒调查被加重处罚。

2. 根据占用性质承担法律责任

   • 若未获审批且无法补办手续：根据《土地管理法》第七十七条，可能面临限期拆除建筑物、恢复土地原状，并处以罚款（按占用面积每平方米100元至1000元标准）。例如，占用10亩基本农田建厂房且无法补办手续，可能被要求拆除并罚款66万至666万元。
     
   • 若符合规划但未审批：若占用符合土地利用总体规划（如用于公共设施建设），可能被责令补办用地手续，并处以罚款（每平方米50元至100元）。例如，占用5亩农耕地建学校但未审批，可能被要求补办手续并罚款16万至33万元。
     
   • 若涉及基本农田：根据《刑法》第三百四十二条，非法占用基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上，可能构成“非法占用农用地罪”，面临五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

3. 积极整改以减轻处罚
   若占用行为已造成土地破坏（如硬化、挖损），需主动编制《土地复垦方案》并实施复垦，恢复种植条件。根据《土地复垦条例》第十九条，复垦验收合格后，可能作为从轻或减轻处罚的依据。例如，占用后主动复垦并达到耕作条件，罚款幅度可能降低30%至50%。

4. 特殊情形处理

   • 历史遗留问题：若占用行为发生在2019年《土地管理法》修订前，且符合当时政策（如“设施农用地”备案），可能适用“从旧兼从轻”原则，仅需补办手续而非拆除。
     
   • 紧急避险或公益用途：如因自然灾害抢险、疫情防控等紧急情况占用，需在事后30日内向自然资源部门报告，并补办临时用地手续，否则仍属违法。

建议：若已收到《责令改正违法行为通知书》或《行政处罚决定书》，需在15日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼，避免处罚生效后强制执行。具体操作可进一步向我说明占用细节（如面积、用途、是否获得村集体同意等），我会结合地方性法规提供更精准的应对方案。