证明案件来源合法性的证据主要包括以下几类：
官方文件或记录：
- 立案通知书或受理通知书：这是证明案件已经被相关司法机关正式受理并立案的直接证据。它表明案件来源是合法的，因为只有经过合法程序受理的案件才会被赋予立案编号。
- 报案记录或举报材料：如果案件是由个人或单位报案或举报引发的，那么报案记录或举报材料就是证明案件来源的重要证据。这些记录通常包含报案人或举报人的基本信息、案件的基本情况以及报案或举报的时间、地点等。
证据收集过程的合法性证明：
- 搜查证、扣押清单等：在案件调查过程中，如果司法机关进行了搜查、扣押等强制措施，那么这些措施必须依法进行，并出具相应的法律文书。这些法律文书就是证明证据收集过程合法性的重要证据。
- 询问笔录、证人证言等：在案件调查中，司法机关可能会询问相关人员或收集证人证言。这些笔录和证言必须是在合法、自愿的基础上进行的，且内容真实可靠。它们也是证明案件来源合法性的重要辅助证据。
其他相关证据：
- 鉴定意见：如果案件涉及专业问题，如物证鉴定、伤情鉴定等，那么鉴定意见就是证明案件事实和来源合法性的重要证据。鉴定意见必须由具有相应资质的鉴定机构出具，且鉴定过程必须合法、公正。
- 视听资料、电子数据等：随着科技的发展，视听资料、电子数据等新型证据在案件调查中发挥着越来越重要的作用。这些证据必须是在合法、合规的基础上收集的，且内容真实、完整、未被篡改。它们也是证明案件来源合法性的有力证据。
在证明案件来源合法性时，还需要注意以下几点：
- 证据的关联性：所提供的证据必须与案件来源合法性有直接关联，能够证明案件来源的合法性和正当性。
- 证据的真实性：证据必须真实可靠，不能是伪造或变造的。否则，不仅无法证明案件来源的合法性，还可能构成伪造证据等违法行为。
- 证据的合法性：证据的收集、保存和提供必须符合法律规定，不能违反法定程序或侵犯他人合法权益。否则，证据可能被视为非法证据而被排除。
如果案件来源合法性受到质疑，应当及时向司法机关提供上述相关证据，以证明案件来源的合法性和正当性。同时，也可以咨询专业律师，获取更具体的法律建议和帮助。如果你有任何法律问题，特别是涉及婚姻家庭、合同纠纷、经济纠纷、房产纠纷、公司事务、侵权纠纷、行政纠纷、涉外纠纷等领域的问题，都可以直接向我咨询。