在法院起诉离婚期间，原则上双方可以协商决定是否共同居住，但若存在特殊情况，如家庭暴力等，受害方有权申请保护性措施来禁止另一方在此居住。以下是对此问题的详细分析：
一、双方协商一致的情况
自由选择居住方式：
- 如果夫妻双方能够协商一致，无论是选择继续共同居住还是分开居住，只要不违反法律法规和公序良俗，都是合法的。这意味着，在起诉离婚期间，双方有权根据自己的意愿和实际情况来决定居住方式。
考虑因素：
- 共同居住的决策可能基于多种因素，如照顾孩子、经济压力、情感依赖等。双方应充分沟通，确保决策符合双方利益，并考虑到可能带来的法律影响，如财产分割、子女抚养权等。
二、存在特殊情况需分开居住
家庭暴力等侵害行为：
- 若一方存在家庭暴力、虐待、严重骚扰等可能对另一方造成威胁的行为，受害方有权向法院申请保护性措施。法院可根据申请采取禁止施暴方接近或共同居住的措施，甚至颁发人身安全保护令，以确保受害方的人身安全。
一方强烈要求且有合理理由：
- 如一方认为继续共同居住会对生活、工作、心理等造成严重不利影响，并有合理理由支持，法院可能会支持其要求对方搬离的请求。这通常需要提供充分的证据来证明继续共同居住的不利影响。
三、法律影响分析
财产分割：
- 共同居住期间，财产收支可能难以区分，导致财产分割更加复杂。因此，在决定是否共同居住时，双方应考虑到这一点，并尽量保持财产管理的透明和沟通。
子女抚养权：
- 共同居住期间的相处情况可能影响子女抚养权的归属。一方的不当行为可能对其在抚养权争夺中不利。因此，在决定居住方式时，双方应考虑到对子女的影响，并尽量为子女创造一个稳定、和谐的生活环境。
感情破裂证明：
- 若长期共同居住，可能会被视为夫妻感情并未完全破裂，对离婚诉讼产生阻碍。因此，如果一方主张夫妻感情已经破裂，而双方却仍然共同居住生活，法院可能会对感情破裂的认定产生疑问。
四、建议与注意事项
充分沟通：
- 在决定是否共同居住时，双方应充分沟通，并考虑到潜在的法律影响。通过沟通，双方可以更好地理解对方的立场和需求，从而做出更合理的决策。
透明管理：
- 如果决定共同居住，建议在财产管理、子女抚养等方面保持透明和沟通。记录重要支出和决策，以避免后续纠纷。这有助于维护双方的权益，并减少因财产问题而引发的矛盾。
及时寻求法律帮助：
- 在居住期间出现任何争议或问题，应及时向我咨询以获取法律建议和支持。作为专业律师，我可以根据具体情况提供针对性的法律意见和帮助。
保护自身权益：
- 面对家庭暴力等特殊情况，受害方应勇敢站出来，利用法律武器保护自己。及时向法院申请保护性措施，并保留相关证据以支持自己的主张。
综上所述，起诉离婚期间夫妻双方是否选择共同居住是一个需要综合考虑多方面因素的决策。双方应谨慎对待，确保自身权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。