结论：营业执照注册地在本省而实际经营地在外省的情况下，注册人签署托管合同是否合法，需根据具体情况判断，若托管合同内容合法且实际经营行为符合相关法律法规，则签署托管合同是合法的。以下从多个角度进行分析：
一、托管合同的合法性基础
合同内容合法性：托管合同作为民事合同的一种，其合法性首先取决于合同内容是否违反法律、行政法规的强制性规定，是否违背公序良俗。只要托管合同的内容合法，如明确双方的权利义务、托管期限、托管费用等，且不涉及非法活动，那么该合同在法律上是有效的。
实际经营地与注册地不一致的影响：虽然营业执照的注册地与实际经营地不一致可能涉及工商行政管理方面的问题，但这并不直接影响托管合同的合法性。关键在于实际经营行为是否符合相关法律法规，如是否依法纳税、是否遵守市场监管规定等。
二、实际经营地与注册地不一致的法律后果
工商行政管理方面：根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司应当在其登记机关所在地设立主要办事机构。如果实际经营地与注册地不一致，公司可能面临工商行政管理部门的处罚，如责令改正、罚款等。但这并不直接导致托管合同无效。
税务方面：公司应按照实际经营地缴纳税款。如果注册地与实际经营地不一致，可能导致税务管理上的复杂性和潜在风险。然而，这同样不影响托管合同的合法性，但公司需确保税务合规，避免税务纠纷。
三、签署托管合同的建议
确保合同内容合法：在签署托管合同前，应仔细审查合同内容，确保不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
遵守工商行政管理规定：尽管托管合同的合法性不受实际经营地与注册地不一致的影响，但公司应尽快办理相关变更登记手续，将实际经营地纳入工商行政管理范围，以避免潜在的行政处罚。
确保税务合规：公司应按照实际经营地缴纳税款，确保税务合规。在签署托管合同时，可以考虑在合同中明确税务责任的承担方式，以避免后续税务纠纷。
咨询专业律师：在签署托管合同前，建议咨询专业律师，对合同内容进行法律审查，确保合同的合法性和有效性。同时，律师可以提供关于工商行政管理、税务合规等方面的专业建议，帮助公司规避潜在风险。
进一步思考：在实际操作中，公司应密切关注相关法律法规的变化，及时调整经营策略，确保合法合规经营。如果遇到复杂的法律问题或纠纷，应及时向专业律师咨询，以维护自身合法权益。