企业成立地和银行开户地不在一个城市，是可以签订三方扣款协议的。以下从不同角度为你详细分析：

法律层面

从现行法律法规来看，并没有明确规定企业签订三方扣款协议时，企业成立地和银行开户地必须处于同一城市。三方扣款协议主要涉及的是企业、银行以及相关合作方（如税务机关、供应商等）之间关于款项自动划转的约定，其核心在于协议各方的权利义务关系以及划款的合法性、合规性。只要协议内容符合法律法规的规定，不损害国家、集体和他人的合法权益，且各方意思表示真实，那么无论企业成立地和银行开户地是否一致，都不影响协议的效力。

银行操作层面

银行在办理三方扣款协议业务时，主要关注的是企业的账户信息、信用状况以及协议的合规性等。只要企业提供的账户是真实有效的，且符合银行的相关要求，银行通常会根据协议的约定进行款项的划转操作，而不会因为企业成立地和银行开户地不同而拒绝办理。不过，不同银行在具体操作流程和要求上可能会存在一些差异，企业在签订协议前最好与开户银行进行充分沟通，了解清楚相关的操作细节和要求。

实际操作建议

1. 提前沟通：企业在准备签订三方扣款协议前，应与开户银行以及合作方进行充分沟通，明确各方的要求和流程，确保协议的签订和履行能够顺利进行。
2. 仔细审查协议条款：三方扣款协议涉及到企业的资金安全，企业在签订协议时一定要仔细审查协议条款，特别是关于划款的条件、金额、时间等方面的约定，避免出现不必要的纠纷。
3. 保留相关证据：在协议履行过程中，企业应妥善保留与款项划转相关的凭证和记录，如银行对账单、扣款通知等，以便在出现问题时能够及时提供证据进行维权。

如果企业在签订三方扣款协议过程中遇到任何法律问题，欢迎随时向我咨询。