结论：在一个人被活活打死且尸体和证据被灭掉用来做肥料的情况下，几年后是否还能查出来，这取决于多种因素，包括犯罪手段的隐蔽性、现场证据的保留情况、科技手段的应用以及侦查人员的专业能力等。虽然时间流逝会增加调查的难度，但并不意味着完全无法查明真相。
从犯罪手段与证据保留的角度分析
犯罪手段的隐蔽性：
- 如果犯罪分子采取了极为隐蔽的手段来处理尸体和灭掉证据，比如使用强酸、强碱等化学物质彻底分解尸体，或者将尸体深埋于不易被发现的地点，并精心掩盖所有痕迹，那么这确实会增加调查的难度。
- 然而，即使犯罪手段再隐蔽，也很难做到完全无迹可循。例如，化学物质的使用可能会留下特定的痕迹或残留物，深埋的尸体也可能因为地质变化、动物活动等因素而逐渐暴露。
现场证据的保留情况：
- 犯罪现场可能会留下各种证据，如血迹、毛发、纤维、指纹、脚印等。这些证据即使经过时间的流逝，也有可能通过科技手段被检测出来。
- 例如，DNA技术可以在多年后仍然从极微量的生物样本中提取出有用的信息，从而帮助确定犯罪嫌疑人。
从科技手段与侦查能力的角度分析
科技手段的应用：
- 随着科技的进步，侦查手段也在不断更新和完善。例如，卫星遥感、无人机侦查、大数据分析等现代科技手段的应用，可以大大提高侦查的效率和准确性。
- 这些科技手段有可能帮助侦查人员发现隐藏的线索或证据，从而揭开案件的真相。
侦查人员的专业能力：
- 侦查人员的专业能力和经验也是决定案件能否被查明的重要因素。经验丰富的侦查人员往往能够从细微之处发现线索，通过逻辑推理和证据分析逐步还原案件真相。
- 他们可能会运用各种侦查技巧和方法，如心理分析、行为模式分析等，来推断犯罪嫌疑人的身份和行踪。
从法律程序与司法实践的角度分析
法律程序的规定：
- 在刑事案件中，法律程序对证据的收集、保存和鉴定都有严格的规定。侦查人员必须按照法定程序进行侦查活动，确保证据的合法性和有效性。
- 这意味着即使案件时间久远，只要证据收集得当、保存完好，仍然有可能在法庭上作为定罪的依据。
司法实践的经验：
- 在司法实践中，有许多类似案件通过坚持不懈的侦查和科技手段的应用最终得以查明真相。这些案例为侦查人员提供了宝贵的经验和启示。
- 它们表明，即使案件时间久远、证据稀缺，只要不放弃努力、不断探索新的侦查方法和手段，仍然有可能揭开案件的真相。
建议与提醒：
- 如果您或您身边的人遇到了类似的情况，应立即向公安机关报案，并积极配合侦查人员的调查工作。
- 不要试图隐瞒或毁灭证据，因为这可能会构成犯罪并加重处罚。
- 相信法律和司法机关的能力，他们将会尽最大的努力来查明真相并维护正义。
最后，虽然时间流逝会增加调查的难度，但并不意味着完全无法查明真相。在科技手段和侦查能力不断进步的今天，我们有理由相信，许多看似无法解决的案件最终都有可能得到圆满解决。如果您有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。