结论：租车合同不是由甲方本人签订，现在要收违约金是否合法，需根据具体情况判断，包括合同签订人的权限、是否构成表见代理、合同条款的合法性以及违约事实等。以下从不同角度进行分析：
一、合同签订人的权限与表见代理
有权代理：
- 如果签订合同的人是甲方的合法代理人（如持有授权委托书），且代理权限明确包括签订租车合同，则该合同对甲方具有约束力。在此情况下，若乙方（租车方）存在违约行为，甲方有权依据合同约定收取违约金。
无权代理但构成表见代理：
- 如果签订合同的人虽无甲方的明确授权，但乙方有理由相信其有代理权（如甲方曾向乙方表示该人可代表其签订合同，或该人长期以甲方名义与乙方进行交易等），则可能构成表见代理。在此情况下，合同同样对甲方具有约束力，甲方需承担合同责任，包括收取违约金的权利。
无权代理且不构成表见代理：
- 如果签订合同的人既无甲方的明确授权，也不构成表见代理，则该合同对甲方不具有约束力。在此情况下，甲方无权依据该合同收取违约金。但需注意，若甲方事后追认该合同，则合同自追认时起对甲方具有约束力。
二、合同条款的合法性
- 即使合同对甲方具有约束力，违约金条款也需符合法律规定。根据《民法典》的相关规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。因此，若违约金数额过高，甲方有权请求法院或仲裁机构予以调整。
三、违约事实的存在
- 收取违约金的前提是乙方存在违约行为。若乙方已按照合同约定履行了全部义务，则甲方无权收取违约金。因此，在判断甲方是否有权收取违约金时，需首先确认乙方是否存在违约行为。
四、法律建议
审查合同签订过程：
- 甲方应仔细审查合同签订过程，确认签订人是否具有代理权限或是否构成表见代理。若存在疑问，可要求签订人提供授权委托书或其他证明文件。
评估违约金条款的合法性：
- 甲方应评估合同中的违约金条款是否合法、合理。若违约金数额过高，可考虑与乙方协商调整或寻求法律途径解决。
收集违约证据：
- 若乙方存在违约行为，甲方应及时收集相关证据（如合同、付款记录、沟通记录等），以便在需要时向法院或仲裁机构主张权利。
咨询专业律师：
- 在处理此类纠纷时，甲方可咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师可根据具体情况分析合同效力、违约金条款的合法性以及违约事实的存在等关键问题，为甲方提供有力的法律支持。
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