农村永久基本农田的使用有着严格的规定和政策导向，以下是对其使用方式的详细解答：
一、主要种植作物
根据自然资源部、农业农村部、国家林业和草原局发布的《关于严格耕地用途管制有关问题的通知》，永久基本农田主要用来种植粮食作物，特别是要保障稻谷、小麦、玉米这三大谷物的种植面积。如果当前种植的是棉、油、糖、蔬菜等非粮食作物，可以维持现状不变。但种植粮食作物的地块，要求每年至少种植一季粮食作物，同时也可以采取粮食与非粮食作物间作、轮作、套种的土地利用方式，以提高土地利用效率和产出。
二、综合立体种养
利用永久基本农田发展稻渔、稻虾、稻蟹等综合立体种养是允许的，但前提是必须不破坏永久基本农田。沟坑的占比需要符合稻渔综合种养技术规范通则的标准，以确保农田的可持续利用和生态平衡。
三、用途管制与保护
严格保护：永久基本农田一经划定，就实行严格保护，任何单位和个人都不得擅自占用或者改变其用途。这是为了保障国家粮食安全和重要农产品供给而实施的特殊保护制度。
重点建设项目占用：国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目选址确实难以避让永久基本农田的，涉及农用地转用或者土地征收的，必须经国务院批准。这体现了对永久基本农田的极高保护级别。
禁止行为：禁止占用永久基本农田发展林果业和挖塘养鱼，也不得种植破坏耕作层的植物。这些规定旨在保护永久基本农田的耕作层和土壤质量。
四、违法处理与责任
对于违法违规占用永久基本农田建窑、建房、建坟、挖沙、采石等破坏永久基本农田、毁坏种植条件的行为，将依据《土地管理法》等法律法规进行查处。构成犯罪的，将依法移送司法机关追究刑事责任。这显示了国家对永久基本农田保护的严肃态度和法律手段。
五、其他相关规定
禁止闲置荒芜：禁止任何单位和个人闲置、荒芜永久基本农田。对于经国务院批准的重点建设项目占用永久基本农田的，如果满1年不使用而又可以耕种并收获的，应当由原耕种该幅永久基本农田的集体或者个人恢复耕种，也可以由用地单位组织耕种。
占用补偿要求：经国务院批准占用永久基本农田的，当地人民政府应当按照国务院的批准文件修改土地利用总体规划，并补充划入数量和质量相当的永久基本农田，以确保农田总量不减少、质量不降低。
综上所述，农村永久基本农田的使用必须严格遵守国家的相关政策和规定，以确保国家粮食安全和重要农产品供给的稳定。如果您有具体的农田使用计划或疑问，建议咨询当地的农业农村部门或自然资源主管部门以获取更详细的指导和帮助。