关于您提出的“逾期自动扣款可以退回来吗”这一问题，这主要取决于扣款的具体原因、您与金融机构之间的合同约定，以及相关的法律规定。以下是我为您详细梳理的情况分析：
一、可以申请退款的情况
扣款错误：
- 如果金融机构的系统出现故障或操作失误，导致误扣了您的款项（比如重复扣款、扣错金额等），您完全有权要求退款。
- 应对措施：一旦发现扣款错误，应立即联系金融机构，提供交易记录等证据，要求他们核实并退还误扣的款项。
未达成有效扣款协议：
- 如果金融机构在未经您明确授权或未与您签订有效扣款协议的情况下进行了扣款，您可以主张该扣款行为不合法，要求退款。
- 应对措施：向金融机构提出异议，要求他们退还已扣款项，并保留好相关证据，以备后续可能的法律诉讼或投诉。
存在不合理收费：
- 金融机构收取的逾期费用等应当合理且透明，不能超过法定的利率上限。如果他们收取的费用过高，超出了法律保护的范围，您有权要求退还超出部分。
- 应对措施：首先与金融机构协商退款事宜，如果协商不成，可以向金融监管部门投诉或向法院提起诉讼来维护自己的权益。
已协商还款方案但仍被扣款：
- 如果您已经与金融机构达成了新的还款方案，但他们仍然按照原规则进行了扣款，这也是可以申请退款的情形。
- 应对措施：提供与金融机构协商的记录或书面协议作为证据，向金融机构提出退款申请。
存在争议交易：
- 如果账单中的消费并非您本人操作，如盗刷、冒用等，您也可以向金融机构申请退款。
- 应对措施：立即挂失卡片，提供挂失记录、报警回执及非本人签字的凭证等证据，向金融机构申请退款。
二、难以申请退款的情况
已签订合法有效的自动扣款协议：
- 如果您已经与金融机构签订了合法有效的自动扣款协议，并明确约定了在逾期情况下金融机构有权从您的指定账户中扣款，那么金融机构按照协议进行的扣款行为通常是合法有效的，难以要求退款。
- 注意事项：在签订协议前，请务必仔细阅读条款内容，确保了解并同意其中的扣款约定。
符合法律规定和合同约定的扣款：
- 只要金融机构的扣款行为符合相关法律法规的规定以及合同的约定（如扣款金额、方式、时间等都在合同明确约定的范围内，且逾期费用等收费标准也未违反法律规定），那么其扣款行为是正当的，您很难要求退款。
- 注意事项：在履行合同过程中，请遵守合同约定，避免逾期等违约行为的发生。
三、退款申请流程（以信用卡为例）
- 核实扣款信息：登录网上银行或手机银行应用，查看交易记录，确认扣款的金额、时间及原因。
- 收集证据：包括扣款凭证、错误证明（如系统错误导致多扣的计算记录）、协商记录（如与金融机构的通话录音、聊天记录或书面协议）以及争议交易证据（如盗刷的挂失记录、报警回执及非本人签字凭证）。
- 联系银行客服：拨打信用卡背面客服电话，清晰说明情况并提出退款申请，提供证据材料。
- 填写退款申请表：根据银行要求填写退款申请表或提供相关证明文件，确保信息准确无误并附上所有必要支持材料。
- 等待审核与处理：银行将对退款请求进行审核，时间从几个工作日到几周不等。期间您可以定期联系银行客服了解审核进度。
- 处理结果：如果银行同意退款，退款金额将在一定时间内返还至您的信用卡账户；如果银行拒绝退款，他们会说明理由。如果您对决定不服，可以进一步协商、投诉或寻求法律途径解决。
四、总结与建议
逾期自动扣款能否退回需根据具体情况判断。建议您在遇到此类问题时首先了解扣款的具体原因和依据，然后对照合同约定和法律规定进行分析。如果认为扣款行为存在问题，请及时咨询专业律师或相关机构以了解自己的权益和维权方式。同时，在签订任何协议前请务必仔细阅读条款内容并确保了解并同意其中的约定以避免不必要的纠纷。