在混同用工的情况下，尽管有劳动合同且工资发放打卡归公司管理，但确定用工主体需综合考虑多个因素，不能仅凭劳动合同或工资发放单一因素来判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、用工主体的确定原则
在混同用工中，用工主体的确定通常遵循“实际用工”原则。这意味着，哪个主体实际对劳动者进行管理、指挥和监督，哪个主体就应当被认定为用工主体。这包括但不限于安排工作任务、进行工作考核、提供劳动条件等。
二、劳动合同与工资发放的作用
劳动合同：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。虽然劳动合同是确定劳动关系的重要依据，但在混同用工的情况下，仅凭劳动合同可能不足以准确判断用工主体。因为可能存在多个主体与劳动者签订劳动合同，或者劳动合同中的用人单位与实际用工主体不一致的情况。
工资发放：工资发放是劳动关系中的一个重要环节，但它同样不能单独作为确定用工主体的依据。在混同用工中，可能存在一个主体负责工资发放，而另一个主体实际进行用工管理的情况。因此，工资发放主体并不一定等同于用工主体。
三、确定用工主体的具体考量因素
在混同用工的情况下，确定用工主体应综合考虑以下因素：
实际管理情况：包括工作任务的安排、工作考核的实施、劳动条件的提供等。哪个主体对这些方面进行实际管理，哪个主体就更有可能被认定为用工主体。
工作场所与设备：劳动者的工作场所和使用的设备也是判断用工主体的重要因素。如果劳动者主要在一个特定的工作场所工作，并使用该场所提供的设备，那么该场所的所有者或管理者可能被视为用工主体。
社会保险缴纳情况：虽然社会保险缴纳情况不是确定用工主体的唯一依据，但它可以作为一个重要的参考因素。如果某个主体为劳动者缴纳了社会保险，那么该主体可能被视为用工主体之一。
其他相关证据：如工作证、工作服、考勤记录、同事证言等，这些证据也可以作为判断用工主体的辅助依据。
四、法律建议
收集证据：在混同用工的情况下，劳动者应尽可能收集与用工主体相关的证据，如劳动合同、工资发放记录、工作证、考勤记录等。这些证据将有助于在劳动争议中证明自己的主张。
咨询专业律师：如果劳动者对用工主体存在疑问或争议，建议咨询专业律师。律师将根据具体情况分析证据，为劳动者提供法律建议和帮助。
提起劳动仲裁或诉讼：如果劳动者与用人单位之间无法就用工主体达成一致，劳动者可以向劳动仲裁机构提起劳动仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
总结来说，在混同用工的情况下，确定用工主体需要综合考虑多个因素，不能仅凭劳动合同或工资发放单一因素来判断。劳动者应尽可能收集相关证据，并在必要时咨询专业律师以维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。