商贸企业按90结转成本是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规进行综合分析。以下从不同角度为你详细阐述：

一、成本结转的基本原则

在会计和税务处理中，成本结转应当遵循真实性、合理性和配比性原则。这意味着企业结转的成本应当真实反映其实际发生的成本，且应当与收入相匹配，以准确计算利润和应纳税所得额。

二、按90结转成本的具体分析

1. 如果“按90结转成本”是指按照实际成本的90%进行结转：

   • 不合法性分析：这种做法可能违反了成本结转的真实性原则。如果企业实际发生的成本是100%，但只结转了90%，那么剩余的10%成本就被隐藏或未计入，这可能导致企业利润和应纳税所得额的虚增，从而违反税法规定。
   • 税务风险：税务机关在税务检查中，如果发现企业存在成本结转不实的情况，可能会对企业进行税务调整，并要求企业补缴税款、滞纳金，甚至可能面临罚款等税务风险。

2. 如果“按90结转成本”是指某种特定的成本分配方法或估算方法，且该方法符合会计准则和税法规定：

   • 合法性分析：在某些情况下，企业可能由于成本数据获取困难或成本分配复杂等原因，需要采用特定的成本分配方法或估算方法。如果这种方法符合会计准则和税法规定，且能够合理反映企业的实际成本情况，那么按90结转成本可能是合法的。
   • 合规性要求：然而，即使采用特定的成本分配方法或估算方法，企业也需要确保该方法的合理性和合规性。这通常需要企业具备完善的内部控制制度和会计政策，并能够提供充分的证据来支持其成本结转方法的选择和运用。

三、建议与风险提示

1. 建议：

   • 遵循会计准则和税法规定：企业在结转成本时，应严格遵循会计准则和税法规定，确保成本结转的真实性、合理性和配比性。
   • 完善内部控制制度：企业应建立完善的内部控制制度，确保成本数据的准确性和完整性，为成本结转提供可靠的基础。
   • 咨询专业意见：如果企业对成本结转方法存在疑问或不确定，建议咨询专业会计师或税务师的意见，以确保合规性。

2. 风险提示：

   • 税务风险：不实的成本结转可能导致企业面临税务调整、补缴税款、滞纳金和罚款等税务风险。
   • 法律风险：在严重的情况下，不实的成本结转可能构成偷税、逃税等违法行为，企业及其相关责任人员可能面临法律责任。

综上所述，商贸企业按90结转成本是否合法，取决于具体的成本结转方法和是否符合会计准则和税法规定。如果你对具体的成本结转方法或税务处理存在疑问，可以直接向我咨询，我会结合你的实际情况为你提供专业的法律意见。