结论前置：在开车撞摩托车导致一死一伤，且已经获得谅解书的情况下，并不能确保检察院一定会作出不起诉决定。谅解书虽可作为量刑时的从轻情节考虑，但并非法定不起诉的依据，检察院会综合考虑案件的具体情况来决定是否起诉。

详细分析：

1. 刑事程序方面：

   • 谅解书的作用：谅解书是受害方对肇事者行为的一种谅解表示，它可以在量刑时被视为一个从轻情节，表明肇事者已经得到了受害方的某种程度的谅解。然而，这并不意味着谅解书可以直接决定检察院是否起诉。
   • 检察院的决策依据：根据我国《刑事诉讼法》的相关规定，检察院在决定是否起诉时，会全面考量案件的犯罪情节、后果、社会危害性等因素。这包括肇事者的过错程度、事故的具体情况、受害者的伤亡情况等。
   • 不起诉的可能性：虽然谅解书是一个积极的因素，但若肇事者的行为情节并不显著轻微，或者存在其他需要追究刑事责任的情形，检察院仍可能会提起公诉。特别是在涉及公共安全和社会秩序的交通事故案件中，检察院往往会更加谨慎地处理。

2. 行政处理方面：

   • 无论检察院是否起诉，交通事故涉及的交通违法行为都可能面临交通管理部门的行政处罚。例如，肇事者可能会被吊销机动车驾驶证，并在规定期限内不得重新考取。这是交通管理部门对交通违法行为的独立处罚，与刑事诉讼程序无关。

3. 民事赔偿方面：

   • 民事责任的独立性：即使刑事诉讼程序终结，受害者家属仍有权基于民事侵权责任要求肇事者承担相应的民事赔偿。这包括丧葬费、死亡赔偿金、被扶养人生活费等。民事赔偿是独立于刑事诉讼程序的，不受刑事诉讼结果的影响。
   • 谅解书与民事赔偿的关系：如果谅解书中对民事赔偿有明确约定，并且肇事者已经履行完毕，那么民事赔偿环节可以视为完结。但如果存在未履行或履行不到位的情况，受害者家属仍可以通过民事诉讼等方式主张权利。

建议与指导：

• 对于肇事者而言，即使获得了谅解书，也应积极配合司法机关的调查和处理，如实陈述事实，尽力减轻犯罪情节和社会危害性。
• 肇事者及其律师可以通过积极赔偿、与受害方达成和解协议等方式来争取更好的法律结果。在向检察院提交相关申请时，应详细陈述理由和事实，提供充分的证据支持。
• 受害者家属应了解自身的民事权利，并在必要时寻求法律援助以维护自身权益。他们有权要求肇事者承担民事赔偿责任，并可以通过法律途径来追讨赔偿。

综上所述，交通事故致人死亡且肇事者负主要责任的案件中，谅解书虽有一定作用，但并不能确保检察院不起诉。肇事者和受害者家属都应充分了解相关法律程序和自身权利义务，以便做出正确的法律决策。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。