结论：涉密合同能否开保函，需根据合同的具体保密要求、保函的性质及开具方式综合判断，并非绝对禁止，但需谨慎处理并确保符合保密义务。以下从不同角度详细分析：

一、法律层面：保密义务与保函开具的兼容性

1. 保密义务的核心
   涉密合同的保密义务通常要求合同双方对合同内容、商业秘密、技术信息等严格保密，未经对方书面同意不得向第三方披露。若保函的开具涉及向银行等第三方披露合同关键信息（如合同金额、履行条款等），则可能违反保密义务。

2. 保函的性质与保密性

   • 独立保函：银行根据申请人申请，向受益人出具的凭单付款承诺，与基础合同（涉密合同）独立。若保函条款未涉及合同具体内容（如仅约定“见索即付”），则开具保函本身不必然泄露保密信息。
     
   • 从属性保函：保函效力依赖于基础合同，银行可能需审查合同内容。此时，若合同涉密，银行可能因无法获取完整信息而拒绝开具，或要求申请人提供保密承诺。

3. 法律风险

   • 若保函开具过程中泄露保密信息，可能构成违约，需承担赔偿责任。
     
   • 若保函条款设计不当（如将合同细节写入保函），可能被认定为违反保密义务。

二、实务操作：如何合法开具涉密合同保函

1. 保密条款设计

   • 在保函中明确约定“银行仅凭受益人提交的书面索赔文件付款，无需审查基础合同内容”，避免银行接触涉密信息。
     
   • 要求银行签署保密协议，承诺对保函开具过程中知悉的保密信息严格保密。

2. 替代方案

   • 预付款保函：若合同涉及预付款，可开具仅担保预付款返还的保函，避免涉及合同履行细节。
     
   • 履约保证金：以现金或银行汇票形式提供担保，无需向第三方披露合同信息。
     
   • 分段保函：根据合同履行阶段分批开具保函，每阶段保函仅担保对应阶段的义务，减少信息披露范围。

3. 案例参考

   • 某技术合作合同中，双方约定由银行出具独立保函，仅担保“若一方未履行技术交付义务，银行向另一方支付违约金”，保函中未提及技术细节，最终成功开具且未泄露保密信息。

三、特殊情形：政府或军工涉密合同

若合同涉及国家秘密（如军工、政府采购项目），则需遵守《保守国家秘密法》等特殊规定：

1. 审批程序：开具保函前需经保密部门审批，确保符合国家保密要求。
   
2. 专用保函格式：使用政府或军工部门指定的保函模板，避免自行设计导致泄密。
   
3. 银行资质：选择具有涉密业务资质的银行开具保函，确保其具备保密管理能力。

四、建议与总结

1. 行动建议

   • 优先通过合同条款设计（如保密协议、独立保函）降低泄密风险。
     
   • 若必须向第三方披露信息，需取得对方书面同意并明确保密责任。
     
   • 涉及国家秘密的合同，务必提前咨询保密部门或专业律师。

2. 总结
   涉密合同开具保函并非绝对禁止，但需严格评估保密风险，通过合同条款设计、银行选择、保密协议等措施确保合法合规。若您有具体合同或保函条款需要审查，可直接向我咨询，我将结合合同内容提供针对性建议。