在商标三年未使用的情况下，关于证明责任的归属，一般原则是“谁主张，谁举证”，但具体举证责任会根据案件阶段和情况有所不同。以下从不同角度为您详细分析：
一、行政查处或撤销程序中的举证责任
初步举证责任在撤销申请人：
- 根据《商标法》第四十九条及《商标法实施条例》第六十六条的规定，若有人认为某一商标连续三年未使用，可以向商标局提出撤销该注册商标的申请。此时，申请人需要初步提供证据证明该商标在指定期间内未进行实际使用，如市场调查报告、商标检索结果等，以表明其有合理理由相信该商标未被使用。
商标注册人的反驳举证责任：
- 商标局受理撤销申请后，会通知商标注册人限期提供使用证明。此时，举证责任转移至商标注册人，其需要提供在指定期间内（即撤销申请提出前的三年内）实际使用该商标的证据，如销售合同、发票、广告宣传材料等，以证明该商标并未连续三年停止使用。
商标局的综合判断：
- 商标局会根据双方提供的证据进行综合判断。如果商标注册人能够提供充分证据证明其在指定期间内实际使用了该商标，则商标局将维持该商标的注册；反之，如果商标注册人无法提供有效证据，则商标局可能撤销该商标的注册。
二、诉讼程序中的举证责任
原告（撤销申请人）的举证责任：
- 若商标注册人对商标局的撤销决定不服而提起行政诉讼，原告（即撤销申请人）需要承担举证责任，证明其提出的撤销申请有合理依据，即该商标确实连续三年未使用。这通常要求原告提供初步证据，如市场调查报告、商标检索结果等。
被告（商标注册人）的反驳举证责任：
- 被告（商标注册人）需要提供反证，证明其在指定期间内实际使用了该商标。这要求被告提供具体的销售合同、发票、广告宣传材料等证据，以证明其商标的使用情况。
法院的审查与判断：
- 法院会根据双方提供的证据进行审查，并依据相关法律法规作出判决。如果被告能够提供充分证据证明其商标在指定期间内实际使用，则法院可能维持商标局的撤销决定（如果撤销决定本身是基于充分证据作出的）或撤销商标局的撤销决定（如果撤销决定缺乏充分证据支持）；反之，如果被告无法提供有效证据，则法院可能支持原告的诉讼请求，撤销该商标的注册。
三、特殊情况下的举证责任
恶意注册或囤积商标的情况：
- 如果商标注册人被认定为恶意注册或囤积商标，且未实际使用该商标，那么在撤销程序中，商标注册人可能需要承担更重的举证责任，以证明其并非恶意注册或囤积商标，且确实有使用该商标的意图和行动。
不可抗力或其他正当理由：
- 如果商标注册人因不可抗力或其他正当理由未能使用商标，其需要提供相应证据，如自然灾害证明、政府政策文件等，以证明其未使用商标并非出于故意或过失。
给您的小建议：
- 对于商标注册人：建议定期对商标的使用情况进行记录和整理，保留好相关证据，如销售合同、发票、广告宣传材料等，以备不时之需。
- 对于撤销申请人：在提出撤销申请前，建议进行充分的市场调查和商标检索，确保有合理理由相信该商标连续三年未使用，并准备好初步证据。
最后，商标三年未使用的证明责任问题涉及多个方面和复杂情况。如果您在此方面遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。