针对“串通投标超额拨款5000元”这一情况，处理方式需结合法律定性、责任划分及追责程序综合判断，具体分析如下：

1. 法律定性：串通投标与超额拨款的双重违法性
   根据《刑法》第223条，串通投标行为若损害招标人或其他投标人利益，情节严重的，构成串通投标罪，处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。而“超额拨款5000元”需进一步明确性质：

   • 若为串通投标后通过虚假合同、虚增工程量等方式非法获取的款项，可能同时构成诈骗罪（若以非法占有为目的）或贪污罪/职务侵占罪（若涉及国家工作人员或利用职务便利）；
     
   • 若仅为合同履行中的超付（如因计算错误导致多付），则属于民事纠纷，需通过协商、诉讼追回款项，不涉及刑事责任。
     关键点：需结合资金流向、主观目的、行为手段等综合判断是否构成刑事犯罪。

2. 责任划分：参与者与单位责任

   • 个人责任：直接参与串通投标、伪造文件或操作超额拨款的人员，可能同时承担刑事责任与民事赔偿责任；
     
   • 单位责任：若单位为串通投标主体或超额拨款的决策方，单位可能被处以罚金，直接负责的主管人员和其他直接责任人员需承担刑事责任（《刑法》第231条）；
     
   • 共同犯罪：若多人合谋，按各自作用区分主从犯，量刑会有差异。

3. 处理程序：行政、刑事与民事的衔接

   • 行政调查：行业主管部门（如住建部门）可能对串通投标行为进行行政处罚，包括罚款、没收违法所得、吊销资质等；
     
   • 刑事立案：若涉嫌犯罪，公安机关将介入侦查，收集证据（如投标文件、资金流水、证人证言等）；
     
   • 民事追偿：无论是否构成犯罪，招标方均可通过民事诉讼要求返还超额拨款及赔偿损失（如利息、维权成本等）。

4. 实务建议：分阶段应对策略

   • 自查阶段：立即停止相关行为，梳理资金流向与合同条款，评估法律风险；
     
   • 协商阶段：若为民事纠纷，可与招标方协商退款方案，避免矛盾升级；
     
   • 应对调查：若已被行政或刑事调查，及时委托律师介入，审查证据合法性，争取从轻情节（如自首、立功、退赃等）；
     
   • 合规整改：完善内部招投标制度，加强财务审核，避免类似风险。

总结：串通投标超额拨款5000元的处理需以法律定性为核心，区分民事纠纷与刑事犯罪，明确责任主体，并通过行政、刑事、民事程序综合追责。建议根据具体情节（如资金性质、参与角色、主观故意等）制定应对方案，必要时可进一步向我咨询细节。