两次补充侦查后抓获同案犯，案件将进入新的审查起诉阶段，需结合同案犯的犯罪事实、证据情况及原案处理进度综合判断后续程序走向。具体分析如下：

1. 程序衔接：同案犯需单独启动审查起诉程序

根据《刑事诉讼法》第175条，补充侦查以两次为限，每次补充侦查后检察院需重新计算审查起诉期限。若在原案两次补充侦查期间或之后抓获同案犯，同案犯的犯罪事实需作为新案件独立处理，但需注意与原案的关联性：

• 若原案已移送法院审理：检察院可对同案犯单独提起公诉，法院可能中止原案审理，待同案犯到案后合并审理（依据《刑事诉讼法》第206条）；
• 若原案仍在审查起诉阶段：检察院需将同案犯的犯罪事实与原案合并审查，重新计算审查起诉期限，并可能再次补充侦查（若证据不足）。

2. 证据处理：需重新审查同案犯的证据链条

同案犯到案后，检察院需重点审查以下证据：

• 同案犯的供述与辩解：需与其他证据（如物证、书证、证人证言）相互印证，避免“孤证定案”；
• 原案证据的补强：若原案证据因同案犯到案需补充（如共犯分工、赃款流向等），检察院可要求公安机关再次补充侦查；
• 非法证据排除：若同案犯提出刑讯逼供等非法取证情形，检察院需启动排除程序，确保证据合法性。

3. 量刑影响：同案犯的到案可能改变原案量刑情节

根据《刑法》第27条（从犯）、第67条（自首）、第68条（立功）等规定，同案犯的到案可能影响原案被告人的量刑：

• 若同案犯供述原案被告人系主犯：原案被告人可能被加重处罚；
• 若同案犯揭发原案被告人其他犯罪事实：可能构成“余罪自首”或“立功”，影响量刑；
• 若同案犯到案后认罪认罚：可能对原案被告人从宽处理的幅度产生对比效应。

4. 特殊情形：同案犯是否适用“另案处理”

根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第183条，若同案犯存在以下情形，可“另案处理”：

• 在逃且无法及时抓获；
• 患有严重疾病无法出庭；
• 属于其他单位管辖的犯罪（如职务犯罪）。 但若同案犯已到案，原则上应与原案合并处理，除非存在上述特殊情形。

实务建议

1. 对原案被告人：若您是原案被告人的辩护人，需及时关注同案犯的供述内容，申请查阅新证据，防止“证据突袭”；
2. 对同案犯：若您是同案犯的辩护人，需重点审查抓获程序是否合法（如是否存在诱供、逼供），并争取认罪认罚从宽；
3. 对被害人：若您是被害人，可向检察院申请参与庭审，就同案犯的到案对量刑的影响发表意见。

如有具体案件细节（如同案犯的犯罪地位、原案处理阶段等），可进一步向我咨询，我会结合案情提供针对性分析。