申请劳动仲裁后，二次手术费的承担主体需根据用人单位是否缴纳工伤保险费以及具体情况来确定，一般由工伤保险基金或用人单位支付。以下是对这一问题的详细分析：
一、工伤保险基金支付的情况
正常参保并认定为工伤：
- 如果用人单位依法为职工缴纳了工伤保险，且该工伤已经被社会保险行政部门认定为工伤，那么二次手术费用（包括医疗费用、住院伙食补助费、到统筹地区以外就医的交通食宿费等）符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准的，应从工伤保险基金中支付。
- 举例：职工小张在工作中受伤并被认定为工伤，其所在单位一直正常缴纳工伤保险。因此，小张二次手术的合理费用由工伤保险基金承担。
旧伤复发：
- 工伤职工工伤复发且确认需要治疗的，继续享受工伤医疗待遇。费用支付规则与初次工伤治疗相同，即根据是否缴纳工伤保险费来确定支付主体。若经劳动能力鉴定委员会确认属于旧伤复发，则按照工伤保险的有关规定执行，由工伤保险基金支付（若已参保）。
二、用人单位支付的情况
未缴纳工伤保险：
- 如果用人单位没有依法为职工缴纳工伤保险费，那么二次手术的所有合理费用都应由用人单位承担。
- 举例：职工小李所在的单位没有为其缴纳工伤保险，因此小李二次手术的全部费用都应由用人单位自行承担。
超出工伤保险支付范围的费用：
- 即使用人单位已缴纳工伤保险，但若二次手术产生了一些超出工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准的费用，这些超出部分的费用一般也需要由用人单位承担（除非用人单位与职工有相关约定或当地有特殊政策）。
用人单位未及时申请工伤认定：
- 若用人单位未在规定的时限内提交工伤认定申请，导致工伤认定前的手术费用无法由工伤保险基金支付，那么这些费用也应由用人单位负担。
三、实际操作建议
保留相关凭证：
- 工伤职工在就医过程中应妥善保留医疗费用票据和证明材料，如医疗费用发票、诊断证明、病历等，以备后续报销和结算使用。
及时申请报销：
- 在二次手术后，工伤职工应及时向用人单位或社会保险行政部门申请医疗费用报销。若用人单位拒绝承担费用，工伤职工可以与用人单位进行协商；协商不成的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付二次手术费用及相关赔偿。
了解维权途径：
- 工伤职工应了解自己的合法权益和维权途径，包括向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或者提起诉讼等。在必要时，可以寻求法律援助或咨询专业律师（即向我咨询），以确保自己的权益得到充分保障。
综上所述，申请劳动仲裁后二次手术费的承担问题是一个涉及多个法律知识点的复杂问题。在实际操作中，应根据具体情况进行判断和处理，确保工伤职工的合法权益得到充分保障。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。