结论：被诽谤的视频两年后起诉是否有效，这主要取决于是否超过了法律规定的诉讼时效期间。一般情况下，如果未超过诉讼时效，起诉是有效的；但如果超过了诉讼时效，且对方提出时效抗辩，则可能丧失胜诉权。以下是对此问题的详细分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这一规定适用于大多数民事纠纷，包括人格权侵权纠纷，如诽谤等。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
二、诽谤纠纷的诉讼时效适用
一般情况：在诽谤纠纷中，如果你在被诽谤的视频发布后两年内发现了该视频，并且知道或应当知道是谁发布了该视频（即义务人），那么从你知道或应当知道之日起三年内，你都有权向法院提起诉讼，要求对方承担侵权责任。因此，如果两年后你仍然在这个三年诉讼时效期间内，起诉是有效的。
特殊情况：如果你在被诽谤的视频发布后两年内并未发现该视频，或者虽然发现了但不知道是谁发布的，那么诉讼时效的起算点可能会推迟。然而，一旦你知道了或应当知道了权利受到损害以及义务人，诉讼时效就开始计算。如果此时距离你发现视频已经超过了三年（即从你知道或应当知道之日起算已经超过了三年），且对方提出时效抗辩，那么你可能丧失胜诉权。但请注意，如果存在诉讼时效中断或中止的情形（如你向对方提出过赔偿请求、对方同意履行义务等），诉讼时效可能会重新计算或暂停计算。
三、诉讼时效届满后的法律后果
如果诉讼时效期间届满，你仍然向法院提起诉讼，而对方提出时效抗辩，法院可能会驳回你的诉讼请求。这意味着，即使你确实受到了诽谤，也可能因为超过了诉讼时效而无法获得法律上的救济。然而，这并不意味着你的权利完全消失，你仍然可以与对方进行协商，寻求其他方式的解决。
四、建议与措施
及时取证：如果你发现自己被诽谤，应尽快收集相关证据，如视频截图、发布者信息、传播范围等，以便在需要时向法院提供。
咨询律师：在决定是否起诉之前，建议你咨询专业律师，了解你的权利和义务，以及诉讼时效等法律问题。
及时行动：如果你决定起诉，应尽快向法院提起诉讼，以免超过诉讼时效期间而丧失胜诉权。
如果你有任何关于侵权损害（人格权）方面的法律问题，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。