结论：公司合同中明确每两年对管理人员进行体检但未实际进行体检，这一行为是否违法需分情况讨论，若该体检属于法律强制要求或合同明确约定的义务，则公司未进行体检构成违法或违约；若仅为公司福利性安排且未违反法律强制性规定，则可能不直接构成违法，但可能涉及合同履行问题。以下从不同角度详细分析：
一、法律强制性体检要求
特定行业或岗位的体检要求：
- 根据《劳动法》及相关行业规定，某些特定行业（如食品加工、医疗卫生等）或岗位（如接触有毒有害物质、高空作业等）的劳动者，必须定期进行健康检查。这是法律对劳动者健康保护的强制性要求。
- 若管理人员属于这些特定行业或岗位，且合同中约定的体检周期符合法律要求，则公司未进行体检将违反法律强制性规定，可能面临劳动行政部门的处罚，并需承担因未体检而可能引发的法律责任（如劳动者因未体检而患职业病，公司需承担赔偿责任）。
一般岗位的体检要求：
- 对于一般岗位，法律并未强制要求定期进行体检。此时，体检更多是公司为了保障员工健康、提高工作效率而提供的福利性安排。
- 若合同中约定的体检不属于法律强制性要求，则公司未进行体检可能不直接构成违法，但可能涉及合同履行问题（如违反合同约定）。
二、合同明确约定的体检义务
合同作为双方意思表示的载体：
- 合同是双方当事人意思表示一致的产物，具有法律约束力。若合同中明确约定了公司每两年对管理人员进行体检的义务，则公司应当履行这一义务。
- 若公司未履行体检义务，将构成违约，需承担违约责任（如支付违约金、赔偿损失等）。
违约责任的承担：
- 违约责任的承担方式包括继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。具体承担方式需根据合同约定和实际情况确定。
- 若管理人员因公司未体检而遭受损失（如因未及时发现健康问题而导致病情恶化），公司需承担相应的赔偿责任。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 首先，应仔细审查合同中关于体检的条款，明确体检的性质（是法律强制性要求还是公司福利性安排）、周期、责任主体等。
与公司沟通协商：
- 若发现公司未按照合同约定进行体检，可先与公司进行沟通协商，了解未体检的原因，并要求公司尽快安排体检。
寻求法律救济：
- 若沟通协商无果，且体检属于法律强制性要求或合同明确约定的义务，可向劳动行政部门投诉或提起劳动仲裁/诉讼，要求公司承担相应的法律责任。
总结：公司合同中明确每两年对管理人员进行体检但未实际进行体检的行为是否违法，需根据体检的性质（法律强制性要求还是公司福利性安排）以及合同约定来判断。若涉及法律强制性要求或合同明确约定的义务，公司未进行体检将构成违法或违约；若仅为公司福利性安排且未违反法律强制性规定，则可能不直接构成违法，但可能涉及合同履行问题。如有具体法律问题，可直接向我咨询。