结论：用人单位在发现员工伪造医院公章入职后，作为起诉主体通常是适格的，但具体还需根据案件实际情况和法律规定来判断。以下从多个角度进行分析：
一、用人单位起诉的适格性
法律关系主体：
- 用人单位与员工之间建立了劳动关系，员工伪造医院公章入职，直接侵犯了用人单位的合法权益，如招聘成本、信任利益等。
- 用人单位作为劳动关系的主体，有权对员工的违法行为提起诉讼，以维护自身权益。
起诉条件：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，起诉需满足原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织，有明确的被告，有具体的诉讼请求和事实、理由，以及属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
- 在员工伪造医院公章入职的情况下，用人单位显然与本案有直接利害关系，且具备明确的被告（即伪造公章的员工）、具体的诉讼请求（如要求确认劳动关系无效、赔偿损失等）和事实、理由。
二、可能涉及的法律后果
劳动关系确认：
- 用人单位可以起诉要求确认与员工的劳动关系无效，因为员工通过伪造公章的方式入职，属于以欺诈手段使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，该行为无效。
赔偿损失：
- 用人单位有权要求员工赔偿因伪造公章入职而给用人单位造成的损失，如招聘成本、培训费用、工资支出等。
行政处罚与刑事责任：
- 员工伪造医院公章的行为，还可能面临行政处罚（如罚款、拘留等）和刑事责任（如伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪等）。但这些法律后果并不影响用人单位作为起诉主体的适格性。
三、实际操作中的注意事项
证据收集：
- 用人单位在起诉前，应充分收集员工伪造公章的证据，如公章样本、入职材料、证人证言等，以证明员工的违法行为。
法律程序：
- 用人单位应按照法律规定的程序提起诉讼，如向有管辖权的人民法院提交起诉状、证据材料等。
专业咨询：
- 由于劳动纠纷案件涉及复杂的法律关系和法律规定，用人单位在起诉前最好咨询专业律师的意见，以确保诉讼的顺利进行和自身权益的最大化。
建议：如果您作为用人单位遇到了员工伪造医院公章入职的情况，且考虑通过法律途径维护自身权益，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和诉讼策略。