结论：在父亲出车祸需筹钱治疗，同事发红包，两年后赔偿款下来后，从法律角度而言，可以退回红包给同事，但具体是否退回以及退回的方式，需结合实际情况和双方意愿来决定。以下从不同角度进行分析：
法律角度
红包的性质：
- 同事发的红包，在法律上通常被视为赠与行为。赠与是赠与人将自己的财产无偿给予受赠人，受赠人表示接受的一种行为。
- 在此情况下，同事发红包是出于对受害者的同情和帮助，没有明确的法律义务或责任要求他们这样做。
退回红包的合法性：
- 既然红包是赠与，那么受赠人（即您或您的父亲）在接受后，原则上没有法律义务必须退回。
- 但是，如果受赠人出于道德、人情或其他考虑，愿意退回红包，这是完全合法的，也是值得鼓励的。
赔偿款与红包的关系：
- 赔偿款是事故责任方根据法律规定或双方协商，对受害者因事故造成的损失进行的补偿。
- 红包与赔偿款在法律上是两个独立的法律关系，互不影响。因此，赔偿款的到来并不构成退回红包的法律障碍。
实际操作角度
与同事沟通：
- 在决定是否退回红包前，建议与发红包的同事进行沟通，了解他们的意愿和期望。
- 如果同事表示希望退回红包，或者您认为退回红包更符合双方的人情和道德准则，那么可以考虑退回。
退回方式：
- 退回红包的方式可以灵活多样，如通过银行转账、现金归还等。
- 在退回时，建议保留好相关证据，如转账记录、收条等，以备不时之需。
考虑其他因素：
- 如果退回红包会给您的家庭经济造成较大压力，或者您认为红包已经用于了必要的治疗费用等，那么也可以考虑不退回。
- 在这种情况下，建议向同事说明实际情况，表达感激之情，并说明无法退回的原因。
道德和人情角度
- 从道德和人情的角度来看，同事发红包是出于对受害者的关心和帮助，是一种善举。
- 如果您的家庭经济状况允许，且您认为退回红包更符合双方的人情和道德准则，那么退回红包是一种值得称赞的行为。
- 即使不退回红包，也应该对同事的关心和帮助表示感激，并在适当的时候以其他方式回报他们的善意。