事业单位职工停职停薪是否违法，需根据具体情况来判断，包括停职停薪的原因、是否遵循了法定程序以及是否有明确的规章制度作为依据。以下是对此问题的详细分析：
合法停职停薪的情形
劳动者未提供劳动：
- 若员工无正当理由未出勤工作，如旷工多日，严重违反考勤制度，单位在旷工期间停发工资是合法的。这是因为员工未提供劳动，单位无需支付相应的劳动报酬。
与单位达成协议：
- 若员工与事业单位就停职停薪事宜达成一致，且协议不违反法律法规，如员工申请停薪留职，双方签订协议约定停发工资，则单位停职停薪不违法。
受到纪律处分：
- 依据《事业单位工作人员处分暂行规定》，受降低岗位等级或撤职处分的员工，单位可从处分决定的次月起降低其工资待遇；受开除处分的，则终止人事关系并停发工资。这种情况下，停职停薪是合法的纪律处分措施。
涉嫌违法犯罪：
- 员工涉嫌违法违纪被立案调查期间，单位可根据干部人事管理权限暂停其工资待遇，待调查结束后再依法处理。这是为了保障调查的顺利进行和单位的正常秩序。
离职或请假：
- 若员工因离职、请假等原因无法提供正常劳动，且单位有明确的规章制度并提前告知员工，则停职停薪是合法的。例如，员工申请长期病假，单位根据规章制度停发部分或全部工资。
违法停职停薪的情形
无正当理由：
- 单位无任何合理依据随意停职停薪员工，违反了《中华人民共和国劳动法》第五十条，即工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这种情况下，员工有权要求单位支付被停发的工资，并可能获得相应的赔偿。
违反法定程序：
- 即使存在可以停职停薪的事由，但单位未按法定程序操作也构成违法。如未将规章制度告知员工，或未进行调查核实、未给予申辩机会就停职停薪。这种情况下，员工可以主张单位的行为违法，并要求恢复工资待遇。
打击报复员工依法维权：
- 若员工依法行使合法权益（如参加工会活动、举报违法行为）时，单位停职停薪进行打击报复，违反了《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律。员工可以依法向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁、提起诉讼以维护自己的合法权益。
实际操作建议
对于事业单位而言：应建立健全的规章制度，明确停职停薪的具体情形和程序，并确保员工知晓。在停职停薪前，应进行充分的调查核实，并给予员工申辩的机会。这样可以避免违法停职停薪的风险，维护单位的正常秩序和员工的合法权益。
对于员工而言：若认为单位停职停薪违法，可向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁、提起诉讼以维护自己的合法权益。在维权过程中，员工应保留好相关证据，如工资条、停职停薪通知等，以便在需要时提供证明。
综上所述，事业单位职工停职停薪的合法性需根据具体情况判断。在实际操作中，单位和员工都应遵守相关法律法规，确保停职停薪行为的合法性。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。