关于您提出的“医保案件不起诉是否有效”的问题，这需要从法律程序、案件性质以及后续处理措施等多个方面来综合分析。
首先，不起诉决定在法律上是有效的。在医保欺诈骗保案件中，如果检察机关认为犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚，那么可以依法作出不起诉决定。这种不起诉决定，也被称为酌定不起诉或相对不起诉，是检察机关在审查案件后，根据犯罪嫌疑人的具体情况和法律规定作出的合法判断。
然而，不起诉并不意味着不承担任何责任。在医保欺诈骗保案件中，即使检察机关作出了不起诉决定，犯罪嫌疑人仍然需要承担相应的行政责任。这是因为医保基金是守护群众健康的“看病钱”“救命钱”，对于任何侵占医保基金的行为，都必须依法追究责任，以维护医保体系的公信力和正常运行。
以您提供的两个案例为例：
在洪湖市的案例中，刘某某因骗取医保基金被检察机关审查后，虽然因其初犯、偶犯、认罪悔罪态度良好且已全额退还违法所得，被作出了不起诉决定。但是，洪湖市检察院随后依法向洪湖市医疗保障局制发了检察意见书，建议对刘某某给予相应的行政处罚。最终，刘某某被处以骗取金额两倍的罚款。
在晋安区的案例中，陈某某同样因骗取医保基金被检察机关审查。虽然因其初犯、偶犯、自愿参与社会公益服务且已退还诈骗金额，被作出了不起诉决定。但是，晋安区检察院也向晋安医保局制发了检察意见书，建议对其作出行政处罚。
这两个案例都充分说明了，在医保欺诈骗保案件中，不起诉决定并不意味着犯罪嫌疑人可以逃避法律责任。检察机关在作出不起诉决定后，仍然会依法将案件移送行政检察部门启动行刑反向衔接程序，确保犯罪嫌疑人承担相应的行政责任。
因此，对于医保案件不起诉是否有效的问题，我们可以明确地说：不起诉决定在法律上是有效的，但犯罪嫌疑人仍然需要承担相应的行政责任。这是为了维护医保体系的公信力和正常运行，确保每一分“看病钱”“救命钱”都能真正用到刀刃上。