结论：有宅基地证但占用农田水渠的行为，通常是违法的。具体是否违法及违法程度，需结合占用农田水渠的性质、面积、是否经过审批等因素综合判断。
法律背景与解释：
宅基地证的法律效力：
- 宅基地证是农村村民合法拥有宅基地使用权的法律凭证。它证明了村民对特定宅基地享有使用权，但并不意味着可以随意改变土地用途或侵占其他类型的土地。
农田水渠的保护：
- 农田水渠是农业基础设施的重要组成部分，对于保障农田灌溉、排水等农业生产活动至关重要。根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法律法规，农田水渠属于农用地范畴，受到严格保护，不得随意占用或改变用途。
违法行为的认定：
- 如果村民在持有宅基地证的情况下，未经批准擅自占用农田水渠进行建设或改作他用，这种行为就构成了对农用地的非法占用，违反了土地管理法律法规。
- 违法行为的认定不仅取决于是否持有宅基地证，还取决于占用的土地性质、面积、是否经过审批以及是否改变了土地用途等多个因素。
法律建议与后果：
立即停止违法行为：
- 如果您或他人正在实施占用农田水渠的行为，应立即停止，并恢复土地原状，以避免进一步的法律后果。
主动申请审批或补办手续：
- 如果因特殊原因确实需要占用农田水渠进行建设，应依法向相关部门申请审批，获得合法手续后再进行建设。
- 如果已经占用了农田水渠但未办理审批手续，应尽快向相关部门补办手续，以减轻或避免法律责任。
面临法律后果：
- 非法占用农田水渠可能面临行政处罚，如罚款、责令恢复土地原状等。
- 如果占用面积较大或情节严重，还可能构成犯罪，面临刑事处罚。
特殊情况说明：
- 如果占用的农田水渠已经废弃或不再用于农业生产活动，且经过相关部门批准同意进行改造或利用，那么这种行为可能是合法的。但即使如此，也需要严格遵守相关法律法规和审批程序。
进一步思考：
- 在处理此类问题时，应充分考虑土地资源的合理利用和保护，避免因为个人利益而损害公共利益。
- 如果您对宅基地证的使用范围、农田水渠的保护以及相关法律法规有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。