结论：员工因违纪行为给公司造成损失，公司能否开除该员工，并非单纯取决于损失的具体金额，而是需要综合考虑违纪行为的性质、严重程度、公司规章制度以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行详细分析：
一、违纪行为的性质与严重程度
严重违纪行为：如果员工的违纪行为严重违反了公司的规章制度，或者违反了法律法规，如盗窃、贪污、泄露商业秘密等，无论损失金额大小，公司都有权依据规章制度或法律法规开除该员工。
一般违纪行为：对于一般性的违纪行为，如迟到、早退、轻微的工作失误等，即使给公司造成了一定的损失，公司也不能直接开除员工。此时，公司应依据规章制度进行相应的处罚，如警告、罚款、降职等，并要求员工赔偿损失。如果员工多次违纪或拒不改正，公司可以考虑解除劳动合同，但需确保解除合同的合法性和合理性。
二、公司规章制度的规定
规章制度明确：如果公司的规章制度中明确规定了员工因违纪行为给公司造成损失达到一定金额时，公司有权开除员工，那么公司可以依据该规定执行。但需要注意的是，规章制度的制定必须合法、合理，且经过民主程序制定并公示，否则可能被认定为无效。
规章制度不明确：如果公司的规章制度中没有明确规定损失金额与开除员工的关系，那么公司不能仅凭损失金额来决定是否开除员工。此时，公司应综合考虑违纪行为的性质、严重程度以及员工的过往表现等因素，做出合理的决定。
三、相关法律法规的规定
《劳动合同法》：根据《劳动合同法》的规定，员工严重违反用人单位的规章制度的，或者严重失职、营私舞弊，给用人单位造成重大损害的，用人单位可以解除劳动合同。这里的“重大损害”并非单纯指损失金额的大小，而是需要综合考虑损害的性质、后果以及用人单位的承受能力等因素。
地方性法规或规章：不同地区可能根据当地的实际情况制定了相关的地方性法规或规章，对员工因违纪行为给公司造成损失的处理方式进行了具体规定。公司在处理此类问题时，应遵守当地的相关规定。
四、法律建议
完善规章制度：公司应制定完善、合法、合理的规章制度，明确员工违纪行为的处理方式和标准，以及损失金额与开除员工的关系（如果适用）。同时，规章制度应经过民主程序制定并公示，以确保其有效性。
依法处理违纪行为：公司在处理员工违纪行为时，应依法进行，确保处理程序的合法性和合理性。对于严重违纪行为或给公司造成重大损害的行为，公司应及时采取措施，包括解除劳动合同等。
保留证据：公司在处理员工违纪行为时，应保留相关证据，如违纪行为的记录、损失的计算依据等，以备不时之需。
咨询专业律师：如果公司在处理员工违纪行为时遇到法律难题或不确定如何处理时，应及时咨询专业律师的意见，以确保处理方式的合法性和合理性。
示例：假设某公司员工因疏忽大意导致公司一批货物丢失，损失金额为5万元。如果公司的规章制度中明确规定了因疏忽大意导致公司损失达到5万元及以上时，公司有权开除员工，且该规章制度合法、合理并经过民主程序制定并公示，那么公司可以依据该规定开除该员工。但如果公司的规章制度中没有此类规定，或者规定不明确，那么公司不能仅凭损失金额来决定是否开除员工，而应综合考虑其他因素做出决定。
最后，如果你在处理员工违纪行为或公司规章制度制定方面遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。