结论：事业单位员工和本人配偶注册公司，即使未担任法人，也可能存在合规风险，具体取决于事业单位的性质、员工岗位性质以及相关内部规定和法律法规。以下从不同角度进行分析：
一、事业单位性质与员工岗位性质的影响
公益类事业单位：
- 若员工在公益类事业单位工作，且其岗位涉及公共利益或需要保持高度廉洁性（如财务、审计、采购等岗位），那么其配偶注册公司可能引发利益冲突的担忧。即使员工未担任法人，也可能因关联关系而受到质疑，特别是当公司业务与事业单位有潜在利益关联时。
经营类事业单位：
- 对于经营类事业单位，员工参与商业活动的限制可能相对较少。然而，如果员工在事业单位中担任管理职务或关键岗位，其配偶注册公司仍可能受到内部规定或职业道德规范的约束，以避免利益冲突或不当竞争。
二、相关内部规定与法律法规
事业单位内部规定：
- 许多事业单位会制定内部规定，明确员工及其亲属的商业行为限制。这些规定可能包括禁止员工或其亲属在特定领域注册公司、担任公司职务或参与公司经营等。因此，首先需要查阅所在事业单位的相关规定，以确定是否存在此类限制。
法律法规：
- 从法律法规层面来看，《公务员法》及《事业单位工作人员处分暂行规定》等文件对公职人员的商业行为有明确规定。虽然这些规定主要针对公职人员本人，但部分条款也可能间接涉及亲属的商业行为，特别是当公职人员利用职务之便为亲属谋取利益时。
- 此外，《公司法》及相关商事法律法规并未直接禁止事业单位员工或其配偶注册公司，但要求公司注册和经营必须合法合规，不得损害公共利益或他人合法权益。
三、合规建议与风险防范
查阅内部规定：
- 在决定注册公司前，应首先查阅所在事业单位的相关规定，了解是否存在对员工及其亲属商业行为的限制。
避免利益冲突：
- 如果事业单位有相关规定或职业道德规范要求避免利益冲突，应确保公司业务与事业单位无潜在利益关联，并避免利用职务之便为公司谋取利益。
透明披露与审批：
- 在某些情况下，可能需要向事业单位透明披露配偶注册公司的情况，并获得相关审批或备案。这有助于减少合规风险并维护个人职业声誉。
咨询专业意见：
- 由于事业单位性质和员工岗位性质的差异，以及内部规定和法律法规的复杂性，建议在做出决策前咨询专业法律意见，以确保合规性并降低潜在风险。
如有具体法律问题或需要进一步的合规建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业、全面的法律服务。