结论：是否会扣三月份工资，与提交离职单的具体日期（四月几号）无直接关联，主要取决于公司规章制度、劳动合同约定以及离职交接的实际情况。以下从不同角度详细分析：
公司规章制度与劳动合同约定
- 公司规定：首先，需查看公司规章制度或劳动合同中关于离职工资结算的具体规定。若公司明确规定，员工在离职时需完成所有工作交接并经确认后，方可结算上月工资，那么即使员工在四月提交离职单，若三月份工资尚未结算，公司可能会根据规定在离职交接完成后发放。但此规定不得违反法律法规的强制性规定。
- 合同约定：劳动合同中若对离职工资结算有特别约定，如“离职时一次性结清所有工资”，则公司应遵守该约定，不得无故扣发三月份工资。
离职交接的实际情况
- 交接完成情况：若员工在四月提交离职单后，迅速且完整地完成了工作交接，且公司对此无异议，那么公司通常应按时发放三月份工资。若因员工原因导致交接延误或未完成，公司可能会根据实际情况暂扣部分工资，但需有合理依据并符合法律法规。
- 公司财务流程：部分公司可能因财务流程原因，在员工离职后的一定时间内（如次月发薪日）才结算离职工资。这种情况下，三月份工资可能会在员工离职后的次月发放，而非离职当月。但公司应提前告知员工此财务流程，并确保不违反法律法规关于工资支付的规定。
法律法规的强制性规定
- 工资支付规定：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，除非有合法依据（如员工造成公司损失需赔偿等），否则公司不得无故扣发员工工资。
- 离职工资结算：员工离职时，公司应一次性结清其工资。若因特殊原因需暂扣部分工资，公司应与员工协商并达成一致，且暂扣金额和期限需合理并符合法律法规。
建议：
- 查看公司规定与合同：首先，建议您查看公司规章制度和劳动合同中关于离职工资结算的具体规定，以了解公司对此的明确要求。
- 与公司沟通：若对公司规定或合同约定有疑问，或认为公司扣发工资无合理依据，建议您与公司人力资源部门或相关负责人进行沟通，明确工资结算的具体时间和方式。
- 保留证据：在沟通过程中，建议您保留好相关证据（如离职单、工资条、公司规定等），以备不时之需。
- 寻求法律援助：若与公司沟通无果，或认为公司行为违反法律法规，您可以向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。