结论：借公司的钱两年后主动还掉，一般情况下法律风险会显著降低，但并非完全不存在法律风险，具体取决于借款的性质、公司章程、内部规定以及是否履行了相关程序等因素。
分析：
借款性质与合同条款：
- 如果借款是基于正式的借款合同，且合同中明确规定了还款期限、利息、违约责任等条款，那么只要按照合同约定按时还款，通常不会产生法律风险。
- 若借款合同中存在特殊条款，如提前还款的限制、违约金等，需确保在还款时遵守这些条款，以避免潜在的法律纠纷。
公司章程与内部规定：
- 公司章程或内部财务规定可能对员工借款有特定要求，如借款额度限制、审批流程、还款方式等。若借款行为违反了这些规定，即使最终还款，也可能面临公司内部的纪律处分或法律责任。
- 因此，在借款前应仔细阅读并理解公司章程和内部规定，确保借款行为符合公司要求。
税务与财务合规：
- 借款和还款行为可能涉及税务问题，如利息收入的税务处理、借款费用的税前扣除等。若未按照税法规定进行申报和缴纳税款，可能面临税务机关的处罚。
- 此外，借款和还款应通过公司正式的财务渠道进行，确保资金流动的透明度和合规性，避免个人与公司资金混同导致的法律风险。
潜在的法律后果：
- 即使借款已还清，如果借款过程中存在欺诈、挪用资金等违法行为，仍可能面临刑事指控或民事赔偿责任。
- 若借款行为对公司造成了损失，如因借款导致公司资金链紧张、影响正常运营等，公司可能要求借款人承担赔偿责任。
建议：
- 审查借款合同：仔细审查借款合同中的各项条款，确保了解并遵守所有约定。
- 遵守公司规定：在借款前咨询公司财务部门或法务部门，了解公司章程和内部规定对借款的要求，确保借款行为合规。
- 保留还款证据：妥善保存还款凭证，如银行转账记录、收据等，以证明已按时还款。
- 咨询专业意见：如有任何疑问或担忧，建议咨询专业律师或会计师，以获取更具体的法律建议和税务指导。
特殊情况说明：
- 如果借款行为涉及公司高管或关键岗位人员，且借款金额较大，可能受到更严格的监管和审查。在这种情况下，即使已还款，也可能因违反公司治理原则或相关法律法规而面临法律风险。
- 若借款行为发生在上市公司或涉及公众利益的公司中，还需考虑信息披露、内幕交易等法律法规的约束。
总之，虽然主动还清借款通常能降低法律风险，但仍需谨慎处理借款过程中的各个环节，确保合规性和透明度。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。