结论：用完了的安瓿瓶可以作为证据先行登记保存，但需满足法定条件并履行相应程序。以下从法律适用、证据属性、程序要求三个维度展开分析：

一、法律适用：证据先行登记保存的法定依据

根据《行政处罚法》第五十六条，行政机关在收集证据时，对可能灭失或以后难以取得的证据，经行政机关负责人批准，可先行登记保存，并在七日内及时作出处理决定。
关键点：

1. “可能灭失”：包括证据被转移、隐匿、销毁或自然损毁等情形；
   
2. “以后难以取得”：如证据因时间推移、环境变化导致无法复现（如药物残留挥发）。
   结论：若用完了的安瓿瓶存在上述风险，可依法登记保存。

二、证据属性：安瓿瓶的证明力分析

安瓿瓶作为非法行医的物证，其证明力体现在：

1. 直接关联性：瓶身标签、残留药物、批号等信息可证明药品来源、种类及使用情况；
   
2. 完整性要求：需保留瓶身、瓶盖、标签等原始状态，避免污染或破坏；
   
3. 辅助证据链：需结合患者陈述、诊疗记录、支付凭证等形成完整证据链。
   结论：安瓿瓶本身具有证据价值，但需与其他证据相互印证。

三、程序要求：登记保存的合法性审查

1. 审批程序：
   
   • 需经行政机关负责人批准，并制作《证据先行登记保存通知书》；
     
   • 通知书应载明保存期限（不超过7日）、地点及权利义务。
     
2. 保存方式：
   
   • 封存时需双方签字确认，并拍摄照片或录像固定证据状态；
     
   • 保存环境应符合药品存储要求（如避光、防潮），避免证据失效。
     
3. 后续处理：
   
   • 7日内需作出处理决定（如送检、返还或没收）；
     
   • 若需延长保存期限，需依法转为查封、扣押等强制措施。
     结论：程序合法性直接影响证据效力，行政机关需严格履行法定步骤。

实务建议

1. 对行政机关：
   
   • 登记保存前应评估证据风险，避免滥用权力；
     
   • 保存期间需定期检查证据状态，防止因保管不当导致证据失效。
     
2. 对当事人：
   
   • 若认为登记保存违法，可申请行政复议或提起行政诉讼；
     
   • 保存期限届满后，有权要求返还安瓿瓶（若未被没收）。
     

提示：若涉及刑事案件（如非法行医罪），安瓿瓶可能作为犯罪工具被扣押，此时适用《刑事诉讼法》关于扣押的规定，程序更为严格。如有具体案件，可进一步向我咨询细节。