结论：事故认定书当事人一方有两人，赔偿协议书只有一人代签，这种情况是否有效需分情况讨论，一般来说，若未经另一方授权或追认，则代签行为无效；若另一方事后追认或存在表见代理等情形，则可能有效。

详细分析：

1. 未经授权或追认的代签行为：

   • 在交通事故赔偿协议中，如果一方当事人有两人，而赔偿协议书仅由其中一人代签，且该代签行为未经另一方当事人的明确授权或事后追认，那么这种代签行为在法律上通常是无效的。因为赔偿协议涉及双方当事人的权益，必须得到双方当事人的真实意思表示和同意。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为应当基于双方当事人的真实意思表示而成立。如果一方未经另一方同意擅自代签，则违反了这一原则，因此代签行为无效。

2. 存在授权或追认的代签行为：

   • 如果代签行为得到了另一方当事人的明确授权，或者另一方当事人在事后对代签行为进行了追认，那么这种代签行为在法律上是有效的。因为此时可以认为双方当事人已经就赔偿协议的内容达成了一致意见。
   • 实践建议：为了避免纠纷和误解，建议在代签前明确取得另一方当事人的书面授权，或者在代签后及时让另一方当事人对代签行为进行追认。

3. 表见代理等特殊情形：

   • 在某些特殊情况下，即使代签行为未经另一方当事人的明确授权或追认，也可能因为存在表见代理等情形而被认定为有效。表见代理是指行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。
   • 应用示例：如果一方当事人的两人中，一人经常代表另一方处理事务，且相对方有理由相信该人有代理权，那么该人代签的赔偿协议可能被认定为有效。但这种情况需要具体分析，且相对方需要承担一定的举证责任。

法律后果与建议：

• 如果赔偿协议书因代签行为无效，那么双方当事人可能需要重新协商赔偿事宜，或者通过法律途径解决纠纷。这可能会增加双方的时间和成本投入。
• 建议：在签订赔偿协议书时，务必确保双方当事人都在场并亲自签字确认。如果一方当事人确实无法到场，可以通过书面授权的方式让另一方代签，并在事后及时让无法到场的当事人对代签行为进行追认。

总结与进一步咨询：

• 事故认定书当事人一方有两人而赔偿协议书只有一人代签的情况是否有效，取决于代签行为是否得到另一方当事人的授权或追认，以及是否存在表见代理等特殊情形。
• 如果你对此类问题还有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。