针对“员工因病迟到怎么处理”这一问题，首先我们要明确的是，员工因病迟到属于特殊情况，与无故迟到或恶意迟到有本质区别。在处理这类情况时，公司应遵循合法、合理和善意的原则，既要维护公司的正常管理秩序，也要保障员工的合法权益。
一、合法性原则
根据《工资支付暂行规定》及相关法律法规，公司有权通过规章制度对员工的迟到行为进行管理，但这种管理必须合法。具体来说，公司不能随意扩大员工的违纪结果或加重员工的违纪责任。例如，不能因为员工一次迟到就扣除其多倍的工资，这种做法既违法也不合情理。
二、合理性原则
在处理员工因病迟到的情况时，公司应考虑迟到的具体原因和影响。如果员工确实因病无法按时到岗，且已及时通知公司并提供了相关证明（如医疗证明），那么公司应给予一定的理解和宽容。在这种情况下，公司可以按照员工实际缺勤的时间，按照其日工资标准扣发相应的工资，而不是采取过于严厉的惩罚措施。
三、善意性原则
公司应秉持善意的管理态度，关注员工的身心健康。在员工因病迟到的情况下，公司可以主动询问员工的病情，提供必要的帮助和支持。如果员工需要请假治疗或休息，公司应按照相关规定及时批准，并确保员工的工资和福利待遇不受影响。
四、具体处理建议
核实情况：首先，公司应核实员工迟到的具体原因，要求员工提供医疗证明或其他相关证明材料。
沟通协商：在核实情况后，公司应与员工进行沟通协商，了解员工的实际困难和需求，共同寻找合理的解决方案。
合理扣款：如果员工确实因病迟到且无法避免，公司可以按照其实际缺勤的时间，按照日工资标准扣发相应的工资。但扣款金额应合理，不得超过法律法规规定的限度。
提供帮助：公司可以主动为员工提供必要的帮助和支持，如安排调休、提供医疗援助等，以体现公司的人文关怀。
完善制度：为了避免类似情况的再次发生，公司应完善考勤管理制度和请假流程，明确员工因病迟到的处理方式和标准，确保制度的公平性和合理性。
综上所述，处理员工因病迟到的情况时，公司应遵循合法、合理和善意的原则，既要维护公司的正常管理秩序，也要保障员工的合法权益。通过沟通协商、合理扣款和提供帮助等措施，可以构建良好和谐的用工关系。