结论：在侵犯商业秘密案件中，即使犯罪嫌疑人已被关押3个月且“侵犯秘密罪”的指控已初步固定，仍然存在进行无罪辩护的可能性。不过，这需要结合具体案情、证据情况以及相关法律规定来综合判断。以下从几个角度进行分析：

一、无罪辩护的法律依据

1. 证据不足：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，定罪量刑的事实都需要有证据证明，且证据必须确实、充分。如果现有证据无法充分证明犯罪嫌疑人实施了侵犯商业秘密的行为，或者证据之间存在矛盾无法排除合理怀疑，那么犯罪嫌疑人就有可能被宣告无罪。

2. 行为不构成犯罪：侵犯商业秘密罪的构成需要满足一定的条件，包括行为人实施了侵犯商业秘密的行为、该行为给权利人造成了重大损失等。如果犯罪嫌疑人的行为并不符合这些构成要件，那么其行为就不构成犯罪，自然可以进行无罪辩护。

二、无罪辩护的实践策略

1. 审查证据：对控方提供的证据进行全面审查，包括证据的合法性、真实性、关联性等方面。如果发现证据存在瑕疵或问题，可以及时提出质疑并申请排除非法证据。

2. 提出反证：如果犯罪嫌疑人认为自己并未实施侵犯商业秘密的行为，或者其行为并不构成犯罪，可以积极收集并提交相关证据来支持自己的主张。这些反证可能包括与商业秘密无关的证据、证明自己无罪的证人证言等。

3. 利用法律程序：在刑事诉讼过程中，犯罪嫌疑人及其辩护人可以充分利用法律程序来维护自己的合法权益。例如，可以申请取保候审、申请延期审理等，以争取更多的时间来准备辩护材料和策略。

三、需要注意的问题

1. 无罪辩护的风险：虽然无罪辩护是犯罪嫌疑人的合法权利，但进行无罪辩护也存在一定的风险。如果辩护失败，犯罪嫌疑人可能会面临更严厉的刑罚。因此，在进行无罪辩护前，需要充分评估案情和证据情况，谨慎决策。

2. 与控方的沟通：在进行无罪辩护的过程中，与控方的沟通也是非常重要的。通过积极沟通，可以了解控方的指控思路和证据情况，从而更有针对性地制定辩护策略。同时，也可以尝试通过协商达成和解或认罪认罚等结果，以减轻犯罪嫌疑人的刑罚。

建议：鉴于每个案件的具体情况都有所不同，如果你或你身边的人正面临此类情况，建议直接向我咨询，提供详细的案情和证据情况。我会结合相关法律规定和司法实践，为你提供更具体、更专业的法律建议。