结论：公司如果与军工有合作关系，并非所有员工都需要备案，是否需要备案取决于具体岗位性质、接触信息的敏感程度以及相关法律法规和军工单位的具体要求。
分析说明：
岗位性质与接触信息敏感度：
- 在军工合作中，不同岗位的员工所接触的信息敏感度是不同的。例如，直接参与军工产品研发、生产、测试等环节的员工，由于可能接触到核心机密信息，因此通常需要经过严格的背景审查和备案。
- 而那些从事一般行政、后勤、财务等工作的员工，由于不直接涉及军工机密，因此可能不需要进行备案。
相关法律法规要求：
- 根据国家保密法律法规和军工单位的相关规定，对于涉及国家秘密的岗位和人员，必须进行严格的保密管理，包括背景审查、备案、签订保密协议等。
- 但这些规定通常针对的是特定岗位和人员，而非所有员工。因此，是否需要备案还需根据具体法律法规和军工单位的要求来确定。
军工单位的具体要求：
- 不同的军工单位可能根据自身的业务特点和安全需求，对员工备案有不同的要求。有些单位可能要求所有员工都进行备案，以确保整体安全；而有些单位则可能只要求特定岗位的员工进行备案。
法律建议：
- 对于公司：在与军工单位合作前，应详细了解并遵守相关法律法规和军工单位的具体要求，明确哪些岗位的员工需要进行备案，并按照规定进行操作。
- 对于员工：如果所在岗位涉及军工机密或需要备案，应积极配合公司的背景审查和备案工作，签订保密协议，并严格遵守保密规定。如果不确定自己是否需要备案，可以向公司的人力资源部门或相关负责人咨询。
后续行动与风险提示：
- 如果公司或员工未按照规定进行备案或违反保密规定，可能会面临法律责任和处罚，包括但不限于罚款、吊销相关资质、承担刑事责任等。
- 因此，建议公司和员工都高度重视备案和保密工作，确保合规操作，避免不必要的法律风险。
如有任何关于劳动工伤或军工合作中员工备案的具体问题，欢迎直接向我咨询。