可以通过签订书面协议的方式，明确商铺出租权和出租权益归父母所有。具体操作可以从以下几个角度进行：

1. 签订赠与协议附加条件
   父母在将商铺赠与女儿时，可以在赠与协议中明确约定：虽然商铺的产权登记在女儿名下，但商铺的出租权及出租所得收益均归父母所有。这种约定属于附条件的赠与，只要条件不违反法律强制性规定，是合法有效的。协议中应详细列明出租权的具体内容（如选择承租人、签订租赁合同、收取租金等）以及出租权益的分配方式。

2. 签订租赁权归属协议
   父母与女儿可以单独签订一份关于商铺租赁权归属的协议，明确约定：商铺的产权虽归女儿所有，但租赁权（包括出租权、管理权、收益权等）均由父母行使。这种协议属于双方对财产权益的内部约定，只要不损害第三人利益，是合法有效的。协议中应明确租赁权的行使方式、收益分配、违约责任等条款。

3. 通过公证增强效力
   为了增强上述协议的法律效力，建议对协议进行公证。公证可以证明协议的真实性和合法性，避免未来因协议效力问题产生纠纷。公证时，父母和女儿均需到场，并携带相关身份证明和商铺产权证明等材料。

4. 注意事项

   • 产权登记与协议一致性：虽然产权登记在女儿名下，但通过协议明确租赁权归父母所有，不会改变产权归属，但可能影响未来商铺的处分（如出售、抵押等）。如果父母希望完全控制商铺，可以考虑在赠与协议中设置回购条款或保留部分权利。
     
   • 第三人利益保护：如果商铺已出租给第三人，父母与女儿之间的协议不得对抗善意第三人。即，如果第三人不知情且已合理支付租金，父母不能直接要求第三人向自己支付租金。
     
   • 税务问题：商铺出租可能涉及税费问题，父母与女儿应在协议中明确税费承担方式，避免未来因税务问题产生纠纷。

建议：父母与女儿应充分沟通，明确各自的权利义务，并签订书面协议。如有需要，可以委托律师起草协议，确保协议内容合法、有效、无歧义。如果有其他疑问，欢迎直接向我咨询。