结论：南方人在农村自家院子做厂房是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及土地性质、规划许可、建设许可及环保要求等多个方面。以下从不同角度详细分析：

1. 土地性质

• 宅基地与建设用地：农村院子通常属于宅基地，用于居住用途。若要将院子改为厂房，首先需确认土地性质是否已变更为建设用地（如工业用地）。若土地性质未变更，擅自改变用途可能违反《土地管理法》相关规定，面临责令改正、罚款甚至拆除的风险。
• 例外情况：若当地政策允许“宅基地上兴办家庭工坊”等特定用途，且符合规划要求，可能例外。但需严格遵循地方性法规或政策文件。

2. 规划许可

• 乡村建设规划许可证：根据《城乡规划法》，在农村建设厂房需取得乡村建设规划许可证。即使土地性质符合要求，未取得许可擅自建设仍属违法，可能被责令停止建设、限期改正或拆除。
• 例外情形：部分地区对小型、临时性建筑可能简化审批流程，但需以地方政策为准。

3. 建设许可

• 施工许可：若厂房规模较大（如超过一定面积或层数），可能需办理施工许可证。未取得许可施工，可能面临行政处罚。
• 安全与质量：即使无需施工许可，厂房建设仍需符合建筑安全标准，否则可能因安全隐患被要求整改或拆除。

4. 环保要求

• 环境影响评价：若厂房涉及生产活动（如加工、制造），可能需进行环境影响评价并取得环保审批。未履行环保手续，可能面临罚款、停产整顿等处罚。
• 污染防治：厂房需配备必要的污染防治设施（如废水处理、废气排放），否则可能因环保不达标被查处。

5. 实际操作建议

• 步骤一：确认土地性质：向当地国土资源部门查询院子土地性质，确认是否可用于工业用途。
• 步骤二：申请规划许可：若土地性质符合要求，向乡镇政府或规划部门申请乡村建设规划许可证。
• 步骤三：办理建设许可：根据厂房规模，向建设部门申请施工许可（如需）。
• 步骤四：履行环保手续：若涉及生产活动，向环保部门申请环境影响评价及排污许可。
• 步骤五：合规建设与运营：确保厂房建设符合安全、环保标准，避免后续纠纷。

6. 法律后果

• 行政处罚：未取得许可擅自建设厂房，可能面临罚款、责令拆除等处罚。
• 民事纠纷：若厂房建设影响邻居采光、通风等权益，可能引发相邻权纠纷。
• 刑事责任：若厂房建设存在重大安全隐患或严重污染环境，可能涉及刑事犯罪（如重大责任事故罪、污染环境罪）。

总结：南方人在农村自家院子做厂房的合法性需综合土地性质、规划许可、建设许可及环保要求判断。建议提前咨询当地国土、规划、建设及环保部门，确保手续齐全、合规建设。若有具体问题或需进一步协助，可直接向我咨询。