在简易程序中，如果发现事实不清，这通常意味着案件可能不再满足简易程序“事实清楚、证据确凿”的基本前提条件。针对这种情况，以下是一些详细的处理步骤和建议：

一、识别事实不清的情况

在适用简易程序过程中，如果行政执法人员或审理部门发现案件事实存在疑问、证据不足或存在其他影响事实认定的因素，应立即识别并确认事实不清的情况。

二、简易程序向一般程序的转化

1. 转化条件：一旦发现事实不清，简易程序应当立即停止，并考虑将案件转化为一般程序进行审理。这是因为一般程序提供了更全面的调查取证和审核机制，有助于更准确地认定事实。

2. 转化程序：

   • 告知当事人：在转化程序前，应告知当事人案件将转为一般程序审理，并说明转化的原因和依据。
   • 重新调查取证：在一般程序下，行政执法人员需要重新进行调查取证，收集更充分的证据来支持案件事实。
   • 全面审核：审理部门应对重新调查取得的证据、调查的程序、调查中形成的法律文书进行全面审核，确保事实认定准确无误。

三、在一般程序下的处理

1. 补充调查或重新调查：

   • 如果认为需要补充调查或补正程序，应当由原调查人员或另外指派的行政执法人员补充调查或补正程序。
   • 在补充调查或重新调查过程中，应确保调查的全面性和客观性，避免遗漏重要证据或事实。

2. 拟定处罚意见：

   • 在调查终结后，调查人应提交案件调查报告，报告应写明当事人的基本情况、查明的案件事实、调查的证据及认定情况、案件性质，并提出处理建议。
   • 审理部门负责人对调查结果进行审查，并根据审查结果分别作出处理决定，如拟定行政处罚决定、不予处罚决定书、撤销立案决定书等。

3. 法制审核与集体研究：

   • 对于重大行政处罚决定，应进行法制审核，确保处罚的合法性和合理性。
   • 法制审核结束后，应提交局领导班子会议集体研究决定行政处罚，确保决策的公正性和科学性。

四、保障当事人权益

在整个处理过程中，应充分保障当事人的知情权、申辩权等合法权益。例如，在告知当事人案件将转为一般程序审理时，应听取当事人的意见和申辩；在作出行政处罚决定前，应书面告知当事人给予行政处罚的事实、理由和依据，并听取当事人的陈述和申辩。

五、后续处理与归档

1. 处罚决定与送达：

   • 行政处罚决定作出后，应宣告后当场交付当事人；当事人不在场的，应在规定期限内按法定方式送达。
   • 送达必须有送达回证，由受送达人在送达回证上注明收到日期并签名或盖章。

2. 整理归档：

   • 处理完毕后，应整理行政处罚案件资料，装订归档管理，以备后续查阅和审计。

综上所述，当在简易程序中发现事实不清时，应立即停止简易程序并考虑转化为一般程序进行审理。在一般程序下，通过补充调查或重新调查、全面审核、法制审核与集体研究等步骤来确保事实认定的准确性和处罚的合法性。同时，应充分保障当事人的合法权益，并在处理完毕后整理归档案件资料。