当被告不同意适用简易程序时，法院应依法将案件转为普通程序审理。以下是对此问题的详细分析：
一、简易程序的基本规定与适用条件
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》（若为民事案件，则依据《中华人民共和国民事诉讼法》）的相关规定，简易程序旨在提高诉讼效率，适用于案件事实清楚、证据充分，且被告人承认自己所犯罪行、对指控的犯罪事实没有异议，同时被告人对适用简易程序没有异议的案件。简易程序的特点包括由审判员一人独任审判（部分情况可组成合议庭）、公诉案件检察人员可不出庭支持公诉、不需组成合议庭进行评议，以及审理期限较短等。
二、被告不同意简易程序的法律后果
尊重被告人的选择权：
- 是否适用简易程序需征得被告人同意，这是保障其诉讼权利的重要体现。若被告人不同意适用简易程序，法院应尊重其选择，不得强行适用。
转为普通程序审理：
- 若被告人不同意适用简易程序，法院应依法将案件转为普通程序审理。普通程序相较于简易程序，更为严格和复杂，包括重新组成合议庭（如需）、按照普通程序的规定进行全面审理，以及保障被告人的辩护权和其他诉讼权利等。
三、程序转换的具体操作与影响
操作流程：
- 法院应及时告知检察机关和辩护人程序变更事宜，调整庭审安排，重新确定开庭时间、地点，并通知当事人。
- 必要时，法院可能要求检察机关补充证据或调整起诉内容，以确保案件能够顺利进行普通程序审理。
对案件的影响：
- 审理周期延长：普通程序通常需要更长时间完成审理，因为涉及更多的庭审环节和评议过程。
- 司法资源投入增加：合议庭成员增多、庭审环节更复杂，导致司法资源投入相应增加。
- 被告人权益保障强化：通过完整程序确保公正审判，充分保障被告人的辩护权和其他诉讼权利。
四、特殊情形下的考量因素
被告人认知能力的评估：
- 若被告人因文化水平低、法律意识薄弱等原因拒绝适用简易程序，法官可通过释明程序帮助其理解权利义务，确保其作出明智的选择。
案件复杂性的动态判断：
- 即使初期符合简易程序条件，若在审理中发现新事实或证据争议，法院仍可依职权转为普通程序，以确保案件得到公正、全面的审理。
司法效率与公正的平衡：
- 在保障被告人权利的前提下，法院需合理控制程序转换频率，避免滥用导致效率低下。同时，也应确保案件得到及时、有效的审理，维护司法公正和权威。
总结与建议：当被告不同意适用简易程序时，法院应依法将案件转为普通程序审理，以确保被告人的诉讼权利得到充分保障。作为被告人或相关当事人，应了解简易程序与普通程序的区别，以及自身享有的权利和义务。在认为案件不适合适用简易程序时，应及时向法院提出异议，并提供相应证据支持。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。