行政机关利用《行政诉讼法》第47条代替补偿期限的做法，通常是不合法的。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律条款的适用范围
《行政诉讼法》第47条主要规定的是公民、法人或者其他组织在申请行政机关履行保护其人身权、财产权等合法权益的法定职责时，如果行政机关在接到申请后两个月内不履行的，公民、法人或者其他组织可以向人民法院提起诉讼。这一条款的核心在于行政机关不履行法定职责时的诉讼救济，而非关于行政补偿期限的规定。
二、行政补偿期限的法律基础
行政补偿是指行政机关在行使职权过程中，因合法行为给公民、法人或者其他组织的合法权益造成损害时，依法给予的补偿。行政补偿的期限通常由具体的法律法规或规章进行规定，如《土地管理法》、《国有土地上房屋征收与补偿条例》等，这些法律法规会明确补偿的标准、程序以及期限等。
三、行政机关利用第47条代替补偿期限的合法性分析
法律条款的误用：行政机关将《行政诉讼法》第47条这一关于诉讼救济的条款，错误地应用于行政补偿期限的确定上，显然是对法律条款的误用。行政补偿期限与行政机关履行法定职责的期限是两个不同的概念，不能混为一谈。
损害公民权益：如果行政机关利用第47条来延长或规避补偿期限，可能会导致公民、法人或者其他组织的合法权益得不到及时、有效的补偿，从而损害其合法权益。
法律程序的违反：行政机关在确定和执行行政补偿时，必须严格遵守相关的法律法规和规章，按照法定的程序进行。利用第47条代替补偿期限，可能违反了法定的程序要求，构成程序违法。
四、建议与措施
明确法律依据：行政机关在确定和执行行政补偿时，应明确依据相关的法律法规和规章，确保补偿的合法性和合理性。
加强法律监督：公民、法人或者其他组织应加强对行政机关行政行为的监督，如果发现行政机关利用第47条代替补偿期限等违法行为，应及时向有关部门反映或提起诉讼。
完善法律法规：相关部门应进一步完善关于行政补偿的法律法规和规章，明确补偿的标准、程序以及期限等，为行政机关和公民、法人或者其他组织提供明确的法律指引。
总结来说，行政机关利用《行政诉讼法》第47条代替补偿期限的做法是不合法的。行政机关应严格遵守相关的法律法规和规章，确保行政补偿的合法性和合理性。如果您在行政补偿方面遇到任何问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。