仲裁结果出来后，公司与员工签订的协议是否有效，需分情况讨论：
协议内容合法且不违背仲裁结果
- 如果公司与员工在仲裁结果出来后签订的协议，其内容符合法律法规的规定，且不违背仲裁裁决的实质内容（例如，协议中的赔偿金额、履行方式等与仲裁裁决一致或更为有利），那么该协议通常是有效的。这种情况下，协议可以视为双方对仲裁结果的进一步确认或细化，具有法律约束力。
协议内容违法或违背仲裁结果
- 如果协议内容存在违法情形（如违反法律强制性规定、损害社会公共利益等），或者协议内容明显违背仲裁裁决的实质内容（例如，协议中约定的赔偿金额远低于仲裁裁决的金额），那么该协议可能是无效的。在这种情况下，员工有权依据仲裁裁决要求公司履行义务，或者通过法律途径主张协议无效。
协议签订过程中的问题
- 除了协议内容本身，协议的签订过程也可能影响其效力。例如，如果公司在签订协议时存在欺诈、胁迫等行为，导致员工在违背真实意愿的情况下签订协议，那么该协议可能是可撤销的。员工可以在法定期限内请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。
法律建议：
- 在签订协议前，员工应仔细阅读协议内容，确保协议内容合法且不违背仲裁裁决的实质内容。如有疑问，可以寻求专业律师的帮助，对协议进行法律审查。
- 如果公司提出签订协议，员工应谨慎对待，不要轻易签署可能损害自己权益的协议。在签署前，可以与公司进行充分沟通，明确协议的具体内容和法律后果。
- 如果员工认为协议内容违法或违背仲裁结果，或者公司在签订协议过程中存在欺诈、胁迫等行为，员工应及时向相关部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果协议有效，双方应按照协议内容履行义务。如一方不履行，另一方有权依据协议要求其履行或承担违约责任。
- 如果协议无效或被撤销，双方应恢复原状或根据实际情况进行赔偿。员工有权依据仲裁裁决要求公司履行义务或寻求其他法律救济。
总之，仲裁结果出来后，公司与员工签订的协议是否有效取决于协议内容、签订过程以及相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。