在交通事故中，当双方车辆被判定为主次责任时，修车的流程及相关责任承担可以归纳为以下几个清晰、有条理的步骤：

一、明确责任划分

首先，需要依据交警出具的交通事故责任认定书来明确双方的责任比例。在机动车与机动车之间的事故中，主责方通常承担70%的责任，次责方承担30%。但具体比例应以交警的认定为准，因为实际事故情况可能复杂多变。

二、立即报案与通知保险公司

事故发生后，双方应立即向警方报案，并同时通知各自的保险公司。报案时，需提供事故发生的时间、地点、简要经过以及双方车辆和人员的基本情况。保险公司会安排查勘员到现场进行勘查，确认事故的真实性和损失情况。

三、车辆定损

接下来，双方需要协商选择具有资质的定损机构对车辆损失进行评估，或者由各自保险公司指定的定损点进行定损。定损机构会详细检查车辆受损部位和损坏程度，并出具定损报告，明确维修项目和所需费用。如果一方对定损结果有异议，可以与保险公司协商要求重新定损，或者共同委托第三方评估机构进行评估。

四、修车及费用垫付

在定损完成后，双方可以根据自身意愿选择合适的汽车维修厂进行维修。对于车损金额，通常会有一定的处理方式：

• 车损金额在交强险责任限额内（如2000元）的部分，一般由对方车辆的保险公司在交强险范围内全额赔偿。
• 超出交强险责任限额的部分，则根据双方的责任比例来分担。例如，如果主责方承担70%，次责方承担30%，那么超出部分的费用就按照这个比例来支付。

在费用垫付方面，双方可以协商各自垫付或一方垫付后追偿。例如，在主责方先行垫付全部费用的情况下，之后可以按照责任比例向次责方追偿其应承担的部分。

五、保险公司理赔

车辆维修完成后，双方需要向各自保险公司提交理赔材料，包括事故责任认定书、定损报告、维修发票、维修清单等。保险公司会审核这些材料的真实性、责任比例和维修费用的合理性，然后按照保险合同的约定和责任比例进行赔付。赔付方式可能是直接将赔款支付给车主，也可能是与维修厂直接结算维修费用（即直赔服务）。

六、注意事项

在整个修车和理赔过程中，双方应保持有效沟通，确保赔偿和修车工作顺利进行。同时，要选择正规的修理厂进行维修，并保留好修车发票和维修记录等凭证。如果遇到赔偿分歧或争议无法解决的情况，可以寻求法律援助或通过诉讼等方式来维护自己的合法权益。

综上所述，当交通事故中双方车辆被判定为主次责任时，修车的流程及相关责任承担需要遵循明确责任划分、立即报案与通知保险公司、车辆定损、修车及费用垫付、保险公司理赔等步骤。双方应积极配合这些流程，确保问题得到妥善解决。