针对您提出的“地勘单位项目负责虚开发票的处罚”问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，虚开发票是一种严重的违法行为，不仅违反了税收管理法规，也损害了国家税收利益和市场公平竞争环境。对于地勘单位项目负责人而言，如果涉及虚开发票，将面临严厉的行政处罚，甚至可能构成犯罪，需要承担刑事责任。
一、行政处罚
罚款：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条的规定，虚开发票的，由税务机关没收违法所得，并根据虚开金额的大小进行罚款。具体来说，虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款。
- 以您提供的参考信息为例，某地勘单位因虚开发票金额巨大（涉嫌虚开的增值税发票金额98566346.96元），被处以400000元的罚款。这显示了税务机关对虚开发票行为的严厉打击态度。
其他行政处罚：
- 除了罚款外，地勘单位还可能面临其他行政处罚，如责令改正、暂扣或撤销证照等。这些处罚措施的具体实施，将根据违法情节的轻重和具体情况来决定。
- 例如，如果地勘单位提供虚假材料或拒绝接受监督检查，且违法情节较重，那么除了罚款外，还可能面临撤销证照的处罚。
二、刑事责任
- 如果虚开发票行为构成犯罪，如虚开增值税专用发票罪等，那么地勘单位项目负责人将需要承担刑事责任。根据刑法的相关规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，将面临有期徒刑、拘役或罚金等刑罚。
三、建议与措施
加强内部管理：
- 地勘单位应建立健全内部财务管理制度，加强对发票等财务凭证的审核和管理，确保所有业务活动都真实、合法、合规。
提高法律意识：
- 地勘单位项目负责人应加强对税收法律法规的学习和理解，提高法律意识，避免因无知或疏忽而触犯法律。
积极配合调查：
- 如果地勘单位或项目负责人涉嫌虚开发票等违法行为，应积极配合税务机关等执法部门的调查工作，如实提供相关资料和情况说明，争取从轻或减轻处罚。
综上所述，地勘单位项目负责人虚开发票将面临严厉的行政处罚和可能的刑事责任。因此，建议地勘单位加强内部管理、提高法律意识，并积极配合执法部门的调查工作，以维护自身合法权益和市场公平竞争环境。