结论：农村机动地承包多年后，实际面积与承包面积不符，能否追回差价需分情况讨论，具体如下：
合同有明确约定：若承包合同中明确约定了承包地的面积、四至范围以及面积不符时的处理方式（如按实际面积调整承包费、补足差价或解除合同等），则双方应按照合同约定执行。若发包方未按约定处理，承包方有权要求其履行合同义务，包括追回因面积不符而多支付的承包费差价。
合同无明确约定，但存在过错方：若合同未对面积不符的情况作出约定，但能证明面积不符是由于发包方的过错导致的（如发包方在丈量土地时存在故意或重大过失，导致承包面积与实际面积不符），则承包方有权要求发包方承担相应的赔偿责任，包括追回多支付的承包费差价。在此情况下，承包方需承担举证责任，证明发包方存在过错以及面积不符的具体情况。
合同无明确约定，且无过错方：若合同未对面积不符的情况作出约定，且无法证明任何一方存在过错（如因自然因素导致土地面积变化，或双方在签订合同时均未对土地面积进行精确丈量），则双方可能无法直接追回差价。但在此情况下，双方可以协商解决，如重新签订合同、调整承包费或采取其他补偿措施。若协商不成，承包方也可以考虑通过法律途径解决，但需注意，由于缺乏明确的合同依据和过错证据，其诉求可能难以得到法院的支持。
建议：在处理此类纠纷时，承包方应首先查阅承包合同，了解合同中关于土地面积和面积不符处理方式的约定。若合同有明确约定，则按照约定执行；若合同无约定或约定不明，则应收集相关证据（如土地丈量记录、证人证言等），证明面积不符的具体情况以及可能存在的过错方。在此基础上，与发包方进行协商或寻求法律途径解决纠纷。如有需要，可直接向我咨询相关法律问题。