结论：劳务外包协议中可以设置支付农民工工资保证金或以农民工工资支付为条件扣留部分款项，但需严格遵守相关法律法规，确保协议内容合法合规，并充分保障农民工的合法权益。

分析说明：

1. 工资保证金的合法性：

   • 根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，为确保农民工工资的按时足额支付，可以要求劳务外包单位缴纳工资保证金。这一措施旨在预防和解决拖欠农民工工资问题，保障农民工的合法权益。
   • 工资保证金的缴纳比例、方式等应由双方协商确定，并明确写入劳务外包协议中。同时，应确保工资保证金的管理和使用符合相关规定，如专款专用、不得挪用等。

2. 以工资支付为条件扣留部分款项的合法性：

   • 在劳务外包协议中，双方可以约定以农民工工资支付为条件扣留部分款项作为履约保证金或质量保证金。但这种扣留必须基于合法、合理的理由，并且不得违反法律法规的强制性规定。
   • 扣留的款项应在协议中明确约定扣留的比例、条件、返还时间等，以确保双方的权益得到保障。同时，应避免将扣留款项作为惩罚性措施，而应将其视为一种保障协议履行的手段。

3. 注意事项：

   • 在设置工资保证金或扣留部分款项时，应充分考虑农民工的实际情况和利益。例如，扣留的款项不应影响农民工的基本生活需求，且应在协议履行完毕后及时返还。
   • 劳务外包协议应明确约定双方的权利和义务，包括工资支付方式、时间、金额等，以及违约责任和争议解决方式等。这有助于减少纠纷的发生，并在纠纷发生时提供明确的解决依据。
   • 在签订劳务外包协议前，建议双方对协议内容进行充分协商和沟通，确保协议内容合法合规且符合双方的实际情况和需求。如有必要，可以寻求专业法律人士的帮助进行协议审查和修改。

法律后果：

• 如果劳务外包协议中的工资保证金或扣留部分款项条款违反了相关法律法规的强制性规定，那么这些条款可能被认定为无效。这可能导致双方在执行协议过程中产生纠纷，甚至需要承担法律责任。
• 如果劳务外包单位未按照协议约定支付农民工工资或违反其他协议条款，那么发包单位有权根据协议约定采取相应的措施，如扣除保证金、要求赔偿损失等。但这些措施必须在协议中有明确约定，并且符合相关法律法规的规定。

建议：

• 在签订劳务外包协议时，双方应充分了解并遵守相关法律法规的规定，确保协议内容合法合规。
• 双方应明确约定工资支付方式、时间、金额等关键条款，以及违约责任和争议解决方式等，以减少纠纷的发生。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。